Увы, на этот раз одолел числом неприятель. Вечером 27 августа начался отход войск. Всю ночь пароходы перевозили людей и кое-какие грузы. «Владимир» в эту ночь перевёз 2490 человек. Ночью легли на дно парусники «Париж», «Храбрый», «Мария», «Чесма», «Иегудил».
В ночь на 31 августа Бутаков получил приказ затопить все пароходы. В час ночи свезли на берег команды пароходов, а в три по условному сигналу все пароходы: «Владимир», «Крым», «Херсонес», «Одесса», «Бессарабия», «Эльбрус», «Дунай», «Турок», «Грозный» — подожгли, открыв предварительно кингстоны. Морская поверхность озарилась багряными отблесками горящих кораблей, погружающихся в пучину. Подожжённый в нескольких местах «Владимир» взлетел на воздух под грохот пушек — это в последний раз выстрелили заряженные и наведённые на неприятеля орудия «Владимира», которые не удалось свезти на берег.
За отличие и мужество при обороне Севастополя Григорий Иванович Бутаков был произведён во флигель-адъютанты и награждён орденом Владимира IV степени с бантом.
Севастопольская эпопея послужила для Бутакова боевой школой. Он впервые применил новинки: откренивал пароходы для увеличения угла возвышения орудия, стрелял на ходу по невидимой цели. Но главное — верно оценил значимость и преимущество нового парового флота, на практике в бою применил неизвестные ранее тактические приёмы, приведшие к победе над противником.
Печальным итогом войны 1813–1855 гг. явился запрет России иметь военный флот и базы на Черном море. Век парусных кораблей закончился Синопом. Наступала пора паровых кораблей.
На Черном море среди командиров военных пароходов тогда первенствовал Бутаков. Он же остался единственным из славной плеяды выучеников «лазаревской школы», кого пестовал Лазарев, подобно Корнилову, Нахимову, Истомину. Видимо, всё это учитывал великий князь Константин Николаевич. Новый император спустя четыре дня после вступления на престол уволил А. Меншикова от всех должностей и повелел великому князю Константину Николаевичу, по званию генерал-адмирал, «управлять как флотом, так и Морским министерством».
26 августа 1856 года Г. Бутаков был произведён в контр-адмиралы с назначением в свиту его величества, заведывающим морской частью в Николаеве и военным губернатором в Николаеве и Севастополе.
Бутакову надлежало заботиться о возрождении флота, а о сокращении до минимума остатков прежнего флота.
Началась незнакомая прежде моряку докучная и нудная канцелярская работа. Сокращали береговые учреждения, отправляли в отставку множество офицеров, определяли пенсии, раздавали награды, комиссовали раненых офицеров и нижних чинов…