С первых шагов Бутаков столкнулся с крючкотворством, взяточниками, казнокрадами. На всё это прежде смотрели сквозь пальцы и начальники и чиновная братия. Вскоре Бутаков узнал, что его помощник по интенданту, контр-адмирал Швенднер, замешан в спекуляциях с поставкой военно-морскому ведомству 13 тысяч четвертей гнилой муки. Вместе с ним действовал купец-спекулянт Киреевский и чины управления. Назначенная Бутаковым комиссия изобличила мошенников. Киреевского арестовали, и вскоре в Николаев прибыла из Петербурга «высочайше утверждённая комиссия» во главе с князем Оболенским. Оболенский на словах возмущался и обещал наказать преступников, но конфиденциально посоветовал Бутакову: «Мой совет вам, Григорий Иванович, оставить в забвении проведённое вами следствие…»
Комиссия пригласила в «советники» специалистов-торговцев, которые участвовали в мошенничестве. Вся эта свора постаралась прекратить разбор дела, потому что в нём оказались замешаны лица из Петербурга — подобно обер-интенданту Н. Метлину и другие. С горькой обидой доносил Бутаков рапортом генерал-адмиралу: «Это раскрыло мне, к горькому сожалению, ход, который был дан делу. Зная, что бедное моё отечество подрываемо страшным червём взяточничества, этой повсеместной гангреной нашей, — я выбрал удобный случай, чтобы нанести в пределах вверенного мне управления удар всеобщему врагу…» Бутаков просил, генерал-адмирала об отставке, но тот отказал и неожиданно объявил ему выговор за «неприличную придирчивость и за неисполнение его воли».
С той поры великий князь стал явно недолюбливать Бутакова, а тот в 1859 году представил ему «Секретную записку о положении в Черноморском управлении», в которой дал обстоятельный анализ положения дел в Морском министерстве в целом. По мнению Бутакова, министерство пришло в упадок из-за морального разложения его чиновников. Приведённые в записке факты подтверждали мысль её автора. Бутаков понимал, что он один не в силах вести борьбу с этим злом, а обещанной реальной поддержки не имел. «…Надо же было мне попасть на свою должность в такое время, — восклицает он, — когда всё в России говорило: „Бросьте официальную ложь! Кто же после Севастопольской войны не знает, что у нас сверху блеск, а снизу гниль. Перестаньте молчать об этом…“»
И вновь Бутаков просит освободить его от должности и уволить в отставку.
В ожидании ответа Бутаков продолжает работать над рукописью о тактике парового флота. В это время ему прислали на отзыв новый устав, и он в своих замечаниях упоминает о порядках на флоте: