Обычно уравновешенный, Макаров страшно гневался, когда узнавал от потерпевшего или другим путём, что матроса ударил офицер или боцман. Зимой командир порта нередко заглядывал в матросские казармы. Однажды в одной из казарм, как всегда, адмирал неспешно обходил в сопровождении офицера выстроившихся матросов.
Офицер кратко докладывал:
— А вот этот любит читать книжки и даже иногда пишет.
Адмирал удивлённо поманил матроса Шишмарева.
Матрос встревожился, мало ли что, хотя о «бороде», как прозвали матросы Макарова, плохого не слышал.
Узнав, что читает Шишмарев, адмирал посоветовал прочесть Станюковича, Короленко, Мамина-Сибиряка.
— Так ты ещё и сочиняешь? — улыбнулся Макаров. — Любопытно взглянуть, что и как пишешь. Есть при себе что-нибудь?
Шишмарев полез в сундучок, смущённо протянул две тетрадки.
Макаров спрятал их в боковой карман и пообещал прочесть и вернуть.
Минуло два месяца. Шишмарев ушёл в плавание, думая, что о нём позабыли. Вернувшись в Кронштадт, матрос получает пакет: «Матросу Шишмареву от вице-адмирала Макарова». В пакете тетрадка и записка. Макаров сообщал, что другую тетрадку со стихами оставил у себя, чтобы поместить в журнале «Море и его жизнь», приглашал Шишмарева навестить его в свободное время, хотел потолковать с ним о его будущем. Впоследствии Шишмарев стал литератором.
Макарова, как военного губернатора, беспокоит положение в заведениях на берегу. Он добивается улучшения положения рабочих пароходного завода, которых уволили без пенсии, предоставления им отпуска, что было немыслимо в те времена. Для рабочих создали клубы для отдыха, где вечерами бывал и сам адмирал. Нередко посещал он гимназию, реальное училище, садился за свободную парту, внимал ответу ученика или пояснению учителя. Часто видели его в Морском инженерном училище, Минном офицерском классе, фельдшерской школе.
Много внимания уделял Макаров благоустройству Кронштадта, где на улицах оборудовали даже по тому времени редкое газовое освещение.
В вопросах служебных отношений адмирал не шёл ни на какие компромиссы, не уступая никому, даже великим князьям. Не переносил хамелеонов, подлиз и самоуправство. «Самодуры не создают дисциплины, а только развращают людей, — неоднократно повторял Степан Осипович. — Весь мой дисциплинарный устав укладывается в одну фразу: „не только за страх, но и за совесть“».
Ещё до назначения в Кронштадт Макаров в кругу приятелей откровенничал:
— Мне бы надлежало быть в Порт-Артуре, командовать Дальневосточной эскадрой. Боюсь, что этого не миновать, только случится сие, когда дела наши там будут совсем плохи. «Наш флот и без того слабее японского, — говорил он, — а с устройством военного порта в Порт-Артуре наши морские силы разбиты надвое и между ними находится неприятель».