Ещё не раз с эскадрой выходил в море «Новик», показывая выучку экипажа, готовность к бою. В середине марта, во время одного из выходов эскадры, из-за неумелого маневрирования столкнулись два эскадренных броненосца «Севастополь» и «Пересвет». Макаров решил заменить командира «Севастополя», пригласил к себе Эссена.
— Принимайте «Севастополь», — кратко приказал он.
Эссен опешил. Хотя броненосец — это повышение, но он тихоходен.
— Ваше превосходительство, «Новик» — мой родной крейсер, лихое судно и экипаж сплавался…
Макаров, поглаживая бороду, усмехнулся:
— Вот-вот, для службы на «Севастополе» вы будете нужны. Вашу хватку я вижу.
Вступив в командование, Эссен через неделю-другую увидел плоды своих усилий. Экипаж броненосца с душой принял нового командира. К сожалению, 31 марта, в день гибели Макарова, «Севастополь» и другие броненосцы из-за сильного прижимного ветра долго не смогли отойти от стенки, и Макаров приказал броненосцу оставаться в бухте. Непродолжительное общение с вице-адмиралом С. Макаровым наложило отпечаток на всю дальнейшую службу Н. Эссена, воспринявшего методы ведения боевых действий своего флагмана.
Новый командующий эскадрой, контр-адмирал В. Витгефт, вначале поднял свой флаг на «Севастополе». Вскоре Эссен настаивает на активных действиях, вплоть до прорыва эскадры во Владивосток, но осторожный флагман противится и в конце концов из-за разногласий с флаг-капитаном переносит свой флаг на «Цесаревича».
И всё-таки от наместника поступает указание прорываться во Владивосток. Во время этой безуспешной попытки 10 июня, при возвращении, «Севастополь» подорвался на вражеской мине и получил большую пробоину в носовой части. Спустя полтора месяца броненосец под командой уже капитана 1-го ранга Эссена снова вышел в море. 28 июля Витгефт вторично повёл эскадру для прорыва во Владивосток. При выходе эскадры флагман поднял сигнал: «Приготовиться к бою. Государь император повелел идти во Владивосток». Бой с превосходящим противником продолжался до темноты, окончился потерей нескольких кораблей, гибелью Витгефта, прорывом части эскадры в нейтральные порты Китая.
«Севастополю» досталось, он шёл почти концевым в строю. Из-за повреждений ход упал до 8 узлов, и броненосец вернулся в Порт-Артур. После ремонта «Севастополь» 10 августа снова подорвался на мине и вышел из строя на два месяца. Теперь японцы обстреливали броненосец с окружающих высот. Часть команды и орудий свезли на берег для усиления обороны Порт-Артура. В конце ноября Эссен добился разрешения у нового флагмана, контр-адмирала Р. Вирена, вывести «Севастополь» на внешний рейд, в бухту Белый Волк. Организовав надёжную противоминную оборону, броненосец своим огнём отбивал атаки неприятеля на Порт-Артур. Японские миноносцы в течение декабря произвели шесть безуспешных ночных атак, выпустив 180 торпед. Но всё же из-за близких разрывов в обшивке появилась течь, и броненосец принял 2500 тонн воды.