Только Фёдору открыл свои замыслы царь. Под Азов отправился и старший брат Апраксина, Пётр[4], царь доверил ему командовать любимыми полками — Преображенским и Семёновским. Накануне Фёдор Апраксин удостоился высокого звания «майор» Семёновского полка.
Покинул Белое море с русскими товарами «Святой Павел», а воевода усмирял прибывших в Архангельск капитанов голландских фрегатов, сопровождавших караван своих купцов. Те думали захватить два судна своих неприятелей.
Пётр похвалил воеводу за расторопность, но вскоре пришла весть о неудаче войск под Азовом. Одна из главных причин — отсутствие флота. Турки беспрепятственно снабжали осаждённую крепость. Началось сооружение верфей в Воронеже, чтобы строить суда для предстоящей кампании. Как их ладить?
В Архангельске выгрузили разобранную на части голландскую галеру и спешно отправили по зимнику в Москву. По её подобию создавали флот. Чуть не силой воевода заставил мастера Виллима Мейера помогать в этом деле русским умельцам.
Наступившая зима оказалась суровой, а лето было дождливым, неурожай грозил голодом народу. Здесь проявилось сострадание воеводы Апраксина к простым людям.
О чём поведал двинский летописец: «В то же лето, грех ради наши… весна была вельми студёна и не стройна, так же и лето, а страда была сенная вельми дождлива и протяжна за неустроением воздуха, а хлеб яровой и рожь самое малое число, что жали и то для толченины, протчее косили и скоту кормили, и под снег пошло не малое число и всякие земные плоды неродились. Многие деревенские, люди для прокормления брели в верховские города. И сего ради настроения, милосердуя о народе, ближний стольник и воевода Фёдор Матвеевич Апраксин изволил положить на продажный хлеб цену по 10 алтын, и по той цене и покупали, и сам Фёдор Матвеевич взял на своё имя у иноземца Володимира Иевлева великую вологодскую лодию хлеба четверть по 20 алтын, по той же цене 20 алтын и в мире распродать велел, не по многу числу…»
Толика трудов двинского воеводы не пропали даром, турки сдали Азов. «Августа 10 числа в понедельник, — поведала летопись, — с Вологды на Холмогоры к двинскому воеводе Фёдору Матвеевичу Апраксину прислан нарочный посыльщик с ведомостью, что великий государь царь и великий князь Пётр Алексеевич вся великия и малые и белые России самодержец, помощию Божию град Азов взял июля 18 числа в субботу».
Архангельск разделил радость победы. «И после молебна архиепископ и воевода с начальными людьми в соборе оглушали литургию. Стрельцы обоих полков стояли от города на дороге к соборной церкви полным строем и урядством, и после литургии стрельба была из пушек и мелкого оружия троекратно. А воевода и дьяки с начальными людьми и архиерей были на перепутье».