Взятие первой приморской крепости, Азова, показало, что без морской силы морем не завладеть. Царь повелел, а боярская Дума осенью 1696 года приговорила: «Морским судам быть».
В те дни Апраксин отправил в Голландию фрегат «Святое пророчество» с российскими товарами. Отписал царю об этом и других событиях.
«Премилостивейшему, всесветлейшему моему государю, причестнейшему бомбардиру». Знал Фёдор, что царь требовал его величать официально бомбардиром, но приписал ещё: «Рабски прошу твою милость и сообщаю…» — и завершил обычным манером: «Прошу у тебя, государя моего, милости и челом бью низко, многократно раб твой Федка Апраксин».
На Введение Святой Богородицы пришёл долгожданный ответ от царя. Он пенял дружески воеводе.
«Фёдор Матвеевич, за письмо твоё благодарствую, однако ж зело сумнимся ради двух вещей, — шутливо выговаривал царь за раболепие, — 1) что не ко мне писал, 2) что с зельными чинами, чего не люблю; а тебе можно знать (для того, что ты в нашей компании) как писать. А про нас похочешъ ведать, дал Бог, живы, а письмо отдал жене твоей[5]. Сам по сём здравствуй. Piter».
Следом пришёл царский указ: «Стольникам обоих комнат, — царей Петра и Ивана, сказано, — в разные государства учиться всяким наукам».
В конце февраля 1697 года Апраксин покинул Архангельск, царь взял его в вояж по Европе. «Фёдор Матвеевич, — как пояснил историк П. Белавенец, — сопутствовал государю заграницу и в Амстердам, учился вместе с ним кораблестроению». Но недолго пробыл там Апраксин. Царь отправил его на верфи в Воронеж, по-новому ладить суда для Азовской флотилии. В Англии царь выучился азбуке математических расчётов для конструирования кораблей. Нанял там мастеров, сведущих в этом деле, и послал в Воронеж.
На Воронежских верфях опытный в судостроении Апраксин сразу заметил непорядок. Любил он, как истинный мореход, порядок, честность в поступках, бережливость. На верфях всё было не так. Приказчики воровали, глядя на них, работники трудились вполсилы, многие ударялись в бега.
Присматриваясь к строительству «кумпанских» и казённых судов, Апраксин возмущался, пока про себя. Приписывали к строительству тысячи людей, а трудились сотни, на припасы отпускали большие деньги, а такелаж поставляли гнилой. Главный распорядитель на верфи, адмиралтеец Протасьев, смотрел на воровство сквозь пальцы. Доносительство не было в характере Апраксина. Он занялся делом. К тому же царь возвёл его в подполковники гвардии Семёновского полка и отправил в Азов обустраивать первую морскую силу России, Азовскую флотилию, готовить новую базу в Таганроге. Азовское море весной 1699 года окуталось пороховым дымом, салютовали русские корабли. Из Воронежа прибыла эскадра кораблей. Пётр готовил к отправке в Стамбул посольство Украинцева на 52-пушечном корабле «Крепость». На Керченском рейде «Крепость» появилась в сопровождении эскадры.