В Грановитой палате владычных покоев, где обычно собирались высшие новгородские судьи, выносились грозные приговоры. Великому князю помогали два новгородских наместника — Иван Зиновьев да Василий Китай, князь Хованский и архиепископ Феофил. Дело подвигалось плохо, обвиняемые бояре ото всего отпирались. Закрытие городских ворот приписывалось самоуправству сбежавшего тысяцкого. Все изменные и лукавые дела сваливались на Курятника и отъехавших с ним бояр. Члены совета господ никаких крамольных решений не принимали, бумаги совета исчезли вместе с писцами и другими важными свидетелями, так что установить истину не удавалось. Хованский свирепствовал на допросах, требовал признаний, стучал по столу мохнатым кулаком, но ничем не располагал по существу, и бояре продолжали отпираться. Чувствовалось, что они прочно связаны круговой порукой. А великий князь, желавший, чтобы затеянный им суд выглядел в глазах горожан по возможности справедливым, торопил и торопил с признаниями.
Наконец кто-то из взятых измором старичков сказал неосторожные слова о своих давних противщиках в совете. Этого было довольно для применения строгих мер. Четверо обвиняемых не выдержали пыток и признали свою вину, им тут же вынесли смертный приговор. Казнь назначили на пятницу, десятое декабря. Феофил пытался отсрочить исполнение приговора, взывая к милосердию во имя Христа, неправедно осуждённого и казнённого именно в пятницу. Иван Васильевич заметил, что в этот же день повесился предавший Христа Иуда, и приказал владыке выдать осуждённым по верёвке. Тот обиделся и покинул палату. Казнь совершили в назначенный день при небольшом скоплении народа. Пришли лишь те, кого удалось выгнать угрозами из ближних изб. Феофил тоже отказался прийти, хотя за ним посылали дважды. Русскому человеку свойственно сострадание к поверженному врагу, и на следующий день в церквах прошли многолюдные молебны в память о невинно убиенных, к крамольникам стали примерять терновый венец. Похоже, что новгородский архиепископ бросал московскому князю открытый вызов, и вряд ли тому удалось бы взять верх в борьбе с народным состраданием. Тогда было объявлено, что на Торговой стороне великий князь самолично принимает жалобы на вящих людей. Бирючи громогласно призывали народ идти к государю для разрешения обидных дел, обещали высокую защиту и скорый суд. Потекли правые и неправые, с каждым днём всё больше — правосудие стало брать верх над состраданием.
Кто знает, как протекала бы борьба двух владык дальше, если бы не привезённая из Пскова рядная грамота, на которой стояли имена сорока семи бояр. Когда её предъявили, запирательство потеряло смысл, и бояре заговорили. Теперь в надежде на снисхождение каждый старался сказать как можно больше. Чёрные возки забегали чаще, городской острог не вмещал захваченных, и родовитых людей держали в простых дровяных сараях. В следующую пятницу казнили уже двенадцать человек, в том числе и горластого новгородского посадника. Больше молебнов по невинно убиенным уже не служили.