Этот съезд проходил конспиративно 1 января 1965 года на окраине Кабула, в доме, принадлежащем Н.М. Тараки. Съезд утвердил программу и устав НДПА, а также избрал её руководящие органы.
Генеральным секретарём ЦК партии стал тогда Н.М. Тараки, его же ближайшими сподвижниками и членами центрального комитета были провозглашены С.М. Кешт-манд, С.М. Зерай, ГД. Пандшери, М.Т Бадахши, Ш. Шахпур и Б. Кармаль, ставший одновременно одним из трёх секретарей ЦК НДПА. Четверо человек (Ш. Вали, К. Мисак, М. Задран, А.В. Сафи) были избраны кандидатами в члены центрального комитета партии. Что касается принятой на съезде программы НДПА, то здесь в качестве главной цели её деятельности определялось «построение социалистического общества на основе творческого применения общих революционных закономерностей марксизма-ленинизма в национальных условиях афганского общества…»
Таким образом, в Афганистане была образована новая партия левого (точнее, «левацкого». — Примеч. В.К.) типа, провозглашённая «авангардом трудящихся классов и высшей формой политической организации рабочего класса». Разумеется, её создание и последующая деятельность проходили под заметным влиянием и непосредственным «патронажем» со стороны ЦК КПСС.
Своеобразным связующим звеном между центральными руководящими органами КПСС и НДПА выступала тогда резидентура Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР в Афганистане. В этой связи со стороны ЦК Коммунистической партии Советского Союза ей нередко напрямую давались соответствующие указания и «деликатные» поручения. Например, тайно передать некую денежную сумму для поддержки организационно-партийной деятельности активистов народно-демократической партии.
Осенью 1965 года НДПА приняла участие в выборах депутатов нижней палаты афганского парламента. Четыре её представителя (Б. Кармаль, Н.А. Нур, А. Ратебзад и Файзиль-уль-Хак) стали делегатами этого выборного органа государственной власти. В конце 1965 года генеральный секретарь ЦК НДПА Н.М. Тараки осуществил неофициальную поездку в Советский Союз.
Здесь состоялся ряд встреч лидера «братской» Народно-демократической партии Афганистана с видными партийными функционерами из ЦК КПСС Р.А. Ульяновским и Н.Н. Симоненко. В ходе этих консультаций советские товарищи рекомендовали Н.М. Тараки сосредоточиться на решении организационно-партийных вопросов, воздержаться от «левацкого радикализма», не ставить перед собой немедленную задачу по свержению королевского режима. Ведь с этим режимом у СССР были весьма хорошие отношения.