Доходов с разоренного имения было мало для того, чтобы дать высшее образование всем сыновьям. Старшие дети так его и не получили. Только двое младших сыновей получат высшее образование: помимо отца Феликса Дзержинского — Эдмунда-Руфина, его получит Фелициан-Иосиф. Согласно книге С. В. Дзержинской, Фелициан был известным юристом, закончившим Петербургский университет[63]. Хотя приведенные данные племянницы Феликса Дзержинского об учебном заведении, которое закончил Фелициан, противоречивы, другие источники говорят о его медицинском образовании и дальнейшей врачебной деятельности. В ряде работ только упоминают полученное им высшее образование[64]. В материалах же ЦГИА СПБ документов о прохождении им учебы в стенах СПбГУ нет. Правда, есть указание о намерении Антония-Николая в 1861 г. быть вольнослушателем одного из российских вузов. Однако получить старшему брату высшее образование так и не удалось, т. к. он умер в 1865 г.[65]
Отцу Феликса в чем-то повезло: он был поздним ребенком, и к моменту начала его образования братья Эдмунда-Руфина уже были более-менее устроены. Ему могли уделить больше внимания и, отчасти, средств семьи. Однако даже в этом случае образование Эдмунда-Руфина еще с ранних лет шло в большей степени за счет благотворительности. Доходов с имения было явно недостаточно для получения им даже гимназического образования. Как сумбурно писал позднее в прошении ректору Санкт-Петербургского университета в ноябре 1859 г. Дзержинский-старший: «не имея состоятельных родственников, я был принят со второго класса и с третьего был принят стипендиатом Белостокской гимназии. Окончив гимназию, я всеми силами старался поступить в Университет, но не было решительно никаких средств, однако надеясь иметь частные уроки в Санкт-Петербурге или поступить в число стипендиатов Виленского учебного округа, я получил у своих знакомых 80 руб. для проезда из г. Белостока в Санкт-Петербург, но в Санкт-Петербурге надежды мои не исполнились…»[66].
Таким образом, университетское образование Эдмунда Дзержинского с самого начала сопровождалось финансовыми проблемами. Однако престижность Санкт-Петербургского университета, надежда после его окончания получить должность и материально себя обеспечивать, давала основание представителю бедного шляхетского рода мечтать об изменении ситуации. Эдмунд-Руфин поступил в Санкт-Петербургский университет на физико-математический факультет. Известно, что Санкт-Петербургский университет являлся тогда центром российской физико-математической науки, и среди его преподавателей было много выдающихся ученых. Так, в период обучения Эдмунда-Руфина в нем на физико-математическом факультете преподавали крупнейший математик Пафнутий Львович Чебышев (1821–1894) и ряд других выдающихся ученых и лекторов. Именно Чебышеву будет представлена позднее и одобрена им диссертация об интегралах Э. Дзержинского