Сделаны были выводы и из его параллельной проверки работы чекистских органов. 10 июня Дзержинский сделал доклад об итогах чекистской стороны своей украинской командировки на заседании коллегии ВЧК[1106].
К приезду Ф. Э. Дзержинского уже был подготовлен материал так называемого «Таганцевского дела», или дела «Петроградской боевой организации». Данное дело, названное по фамилии руководителя подпольной организации, изначально разворачивалось в Петрограде. Местные чекисты, после выявления реальной организации, провели массовые аресты лиц, хоть к какой-то мере причастных к арестантам. Количество арестованных превысило 800 человек, что показывало масштаб организации. Были достаточно громкие аресты, например, известного поэта Н. Гумилева. Он был активным участником петроградского подполья, хотя питерским чекистам не удалось этого доказать в 1921 г. и о его роли в организации стало известно гораздо позднее. Были арестованы и многочисленные ученые, которые составляли отчеты о состоянии российской промышленности для отправки их за рубеж. Им грозил расстрел. В этих условиях за арестованных вступились их близкие и коллеги, обращаясь в т. ч. к Ленину с просьбой об освобождении. Были подобные просьбы и относительно В. Н. Таганцева, чей отец когда-то помог семье Ульяновых[1107]. Дзержинский по просьбе Ленина предоставил ему в середине июня справку о Петроградской боевой организации и о роли Таганцева-младшего. Его он охарактеризовал как руководителя организации, которая не только собирала и переправляла сведения о состоянии советской промышленности за рубеж, но и как человека, который нес ответственность за подготовку терактов[1108]. В целом архивные материалы следствия подтверждали антисоветскую деятельность Таганцева. Сам Таганцев, на условиях гарантии сохранения жизни арестованным, стал давать показания. В литературе есть указание, что эти гарантии дал Дзержинский, однако доказательств этому нет. Более логичным будет предположить, что эти гарантии дал ведший следствие известный в будущем чекист Яков Агранов. В любом случае, это обещание, если оно и имело место, не было выполнено. Позднее в августе в Петрограде был произведен расстрел 57 участников организации, а всего, с осенними расстрелами, по делу были расстреляны около 90 человек. Среди расстрелянных в августе были Таганцев, Гумилев и ряд других известных деятелей, а также лица гораздо меньшего уровня, например, контрабандисты[1109].
Следует отметить, что хотя Дзержинский и был в курсе дела, но в большей степени можно говорить о его роли в середине следствия: в июле 1921 г. Документов о причастности Дзержинского к августовским событиям нет. Ключевыми деятелями в этом плане был Я. Агранов, руководивший допросами профессорской группы, председатель Петроградской ЧК А. Семенов, а по Линии ВЧК — И. С. Уншлихт. Это было связано как с общей загруженностью Дзержинского другими вопросами, так и состоянием его здоровья в этот период.