Министры продолжали вести свою линию. Островский, бывший в начале января на приеме у Александра III, убеждал его (и, казалось, убедил) ввести институт земских начальников в качестве эксперимента в трех-четырех губерниях на два-три года. Действительно, впоследствии земские начальники вводились в губерниях не одномоментно.
Новое заседание Государственного совета прошло 16 января 1889 г. Его «сценарий» не отличался новизной. Большинство нападало на проект Министерства внутренних дел, а Толстой отчаянно отбивался, не желая никого слушать. Вновь звучала мысль о необходимости перестройки всего местного управления, а не его отдельных элементов. Вспоминали прежний административный опыт, не учтенный Толстым. Его проект защищал лишь Островский, и то весьма оригинальным способом. Он доказывал, что все действительно спорные пункты можно было с легкостью выбросить из документа. Следуя этой логике, А. А. Абаза и Е. П. Старицкий предложили не голосовать по проекту, а вносить изменения, обсуждая текст по параграфам. Толстой высказался против и настоял на голосовании. В его пользу высказалось тринадцать членов Государственного совета. 39 были против. Император в беседе с великим князем Михаилом Николаевичем даже порицал Толстого за это разногласие, вроде бы соглашаясь с тем, что следовало рассматривать проект по параграфам. Противники министра внутренних дел как будто бы могли праздновать победу. Однако в действительности победил министр Толстой.
28 января царь как будто бы утвердил мнение меньшинства. Более того, своей резолюцией император упразднил мировой суд, передавая его полномочия земским начальникам и волостным судам, что было давним потаенным желанием Д. А. Толстого. Это решение Александра III обозначало то, что концепция проекта была бесповоротно принята. Государственному совету оставалось лишь обсуждать детали этого документа. Фактически в этот раз император утвердил мнение ни большинства, ни меньшинства, а свое собственное. По словам великого князя Михаила Николаевича, «граф Толстой нас оседлал». Такое решение возмутило многих. Победоносцев в возбуждении ходил из угла в угол по своему кабинету и настаивал на отставке великого князя Михаила Николаевича, который лишь таким образом мог выразить свой протест. А. А. Половцов, узнав о таком исходе дела, не мог в тот день заснуть.
Этот случай в высшей степени показателен. Проект об учреждении должности земских начальников был одним из немногих в царствование Александра III, который был утвержден в целом в том виде, в котором был внесен. Тем не менее его принятие потребовало немалых усилий со стороны Д. А. Толстого. Здесь сказалось все. Принципиальные разногласия среди министров. Организованная оппозиция в Государственном совете, выискивавшая нестандартные приемы политической борьбы. Наконец, колебания самого императора, оказывавшегося под влиянием последнего докладчика.