О том, что Мазепа имеет намерение переметнуться к Карлу Двенадцатому в Москву, было отправлено два сообщения-доноса генеральным судьей Войска Запорожского Василием Кочубеем и полтавским полковником того же войска Иваном Искрой. Но Петр, к великому сожалению, продолжая верить уже состоявшемуся предателю Мазепе, считая его своим близким другом и соратником. Царь предупреждениям запорожцев не внял. Больше того, он счел новый донос ложным. Сначала Кочубея и Искру арестовали, доставили в Витебск для «царского розыска». После жестоких пыток Кочубей не выдержал болей, и был вынужден признаться, что оговорил Мазепу. Потом их отправили в село Борщаговку под Белой Церковью, где стоял лагерь Мазепы. Там новый допрос учинил генеральный писарь, наперсник Мазепы Филипп Орлик. Мазепа приказал обезглавить В. Л. Кочубея и полтавского полковника И. И. Искру — им отрубили головы на белоцерковском майдане 15 июля 1708 года.
Прошло немного времени после казни Василя Кочубея и его единомышленника Ивана Искры, и царю Петру донесли, что Мазепа его предал. Царь раскаялся в своей ошибке, назвав Кочубея «мужем честным, славным в памяти».
Но это было последнее предательство украинского гетмана. Он надеялся выиграть очередным актом коварной измены, но судьба жестоко обошлась с ним.
Мазепа обещал Карлу зимовку в своей столице и резиденции городе Батурине. Там были склады с провиантом, фуражом, арсеналы с оружием и порохом, а также имелся хорошо подготовленный и преданный Мазепе гарнизон сердюков (пехотинцев — авт.) и казаков, которыми руководил полковник Д. Чечель.
Шведы повернули в сторону Украины, отказавшись от своего похода на Смоленск и Москву не по доброй воле. Возникла проблема в прокорме армии, началась эпидемия дизентерии, не хватало пороха, артиллерии. Карл лишился в боях большей части лучших тягловых саксонских лошадей.
Но перезимовать в Батурине Карлу с Мазепой и их воинством не удалось. По приказу царя Петра этого сделать не дали войска, возглавляемые князем Меншиковым.
2 ноября 1708 года Меншиков осадил и вскоре взял город.
Читаем у Александра Лазаревского:
«Современник свидетельствует, что Мазепа защиту Батурина против русских войск поручил трем лицам: сердюцкому полковнику Дмитрию Чечелю, начальнику батуринской артиллерии Фридриху Кенигсену и батуринскому сотнику Дмитрию Нестеренко. Ровно через неделю после ухода Мазепы из Батурина, к последнему подступило русское войско, предводимое Меншиковым. Первого ноября у Меншикова с батуринцами шли переговоры: он требовал добровольной сдачи города, а последние отказывались сложить оружие.