Во-вторых, возвышение Ягоды объяснялось и кадровым дефицитом в ОГПУ. В период НЭПа образованные коммунисты и хорошие организаторы были нужны на хозяйственной или государственной работе. Это видно даже по анализу должностей, которые занимали руководители ВЧК- ОГПУ. Дзержинский возглавил ВСНХ, формально оставаясь во главе органов, И.С. Уншлихт с осени 1923 — член РВС Республики, а затем заместитель наркома по военным и морским делам М.В. Фрунзе, В.Н.Манцев, в 1924-36 — начальник планово-экономического управления ВСНХ, заместитель наркома финансов СССР; Я.Х. Петерс ушел на советскую службу в 1929 г., М.Я. Лацис с 1922 г. на хозяйственной работе во главе Солесиндиката, а затем в Наркомземе. Иными словами, подбирая руководителя спецслужбы, властям страны надо было сделать выбор между Ф. Медведем, С. Мессингом, Г. Ягодой и Г. Бокием, к которым затем присоединился М. Трилиссер.
Огромную роль в возвышении Ягоды сыграла его активность в борьбе с троцкистами. Следует учитывать, что влияние троцкистской оппозиции в ОГПУ было довольно заметным. А.М. Плеханов утверждает, что по подсчетам председателя ОГПУ, во время дискуссии 1923–1924 гг. в аппарате ОГПУ из 551 членов РКП (б) на стороне ЦК были 367 человек, 40 однозначно на стороне троцкистов и еще 129 «колебались».
Это, конечно, приукрашенная картина. В действительности, если верить мемуарам, то в разных парторганизациях ОГПУ сторонников Троцкого было до половины. Очень выразителен рассказ Ф.Д. Медведя о дискуссии в Москве. По его словам, троцкисты первоначально вообще добились большинства, «Дзержинскому и другим членам коллегии вообще говорить не давали. Требовали немедленно ввести внутрипартийную демократию, разогнать партийный аппарат. «Долой бюрократов, долой аппаратчиков», — сплошь и рядом кричала ячейка. Пришлось прекратить собрание и перенести на следующий день. Ну, а на следующий день были приняты меры. Во-первых, срочно по прямому проводу вызвали из Ленинграда Зиновьева, затем Феликс особо заядлых крикунов частью изолировал, частью отправил в срочные командировки. На следующий вечер собрание открылось речью Зиновьева. Этот и начал. Говорил четыре часа подряд. Все обалдели, слушая его. Голоснули — и что же? Несмотря на принятые меры, ничтожным большинством прошла резолюция ЦК».
Причины популярности Троцкого среди чекистов очевидны. Многих раздражало отсутствие внутрипартийной демократии. «Где у нас равенство в единой коммунистической партии? На бумаге, в уставе партии. А на самом деле, верхи и низы. Начальники и подчиненные. Верхи обросли на теплых местах и тянут к себе родственников, подхалимов, бюрократов. Везде и повсюду круговая порука. Рука руку моет. Только внутрипартийная демократия даст возможность проявить все недочеты нашей партии и избавиться от них».