Тем временем он с неистовым упорством продолжал собирать информацию. Сознавая, какая над ним нависла опасность, Пеньковский тем не менее сознавал важность своей миссии. Подготовка Советского Союза к войне, к которой мир оказался так близок во время карибского кризиса, уже началась. Будь Пеньковский не столь целеустремленным, он бы сразу же прекратил свою активность. Продолжая передавать секретные материалы на Запад, он ни на минуту не забывал о сгущавшихся над ним тучах. До этого момента мысль о реальной опасности, которой он подвергал своих близких, не приходила ему в голову. Теперь же он думал и об этом. Получив искусно изготовленный советский паспорт, которым он мог бы воспользоваться при побеге, Пеньковский искал пути вывоза своей семьи.
Он знал, что КГБ уже следует за ним по пятам. В январе Пеньковский писал: «Насколько я могу судить, «соседи» располагают информацией о том, что мой отец не умер, а живет за границей. Похоже, что она появилась у них в конце 1961 года. Предпринятые срочно поиски места захоронения моего отца ничего не дали — могилу его так и не обнаружили. Кроме того, никаких документов о смерти его не найдено. Мое начальство этой возне вокруг меня особого значения не придает — считает, что мой отец действительно скончался».
К началу весны интерес КГБ к Пеньковскому настолько возрос, что все его предстоящие командировки за рубеж повисли в воздухе. В течение нескольких предшествующих месяцев он считался кандидатом на поездку в Соединенные Штаты Америки. Там в апреле должна была открыться советская передвижная книжная ярмарка. Однако поездку Пеньковского «зарубили». В своих «Записках» он с некоторым беспокойством сообщает: «Если все будет в порядке, то 19 апреля улетаю в Штаты. Но пока дела мои обстоят неважно. Они все еще продолжают искать место захоронения моего отца. А поскольку оно так и не найдено, то считают, что он жив, и на основании этого считают, что посылать меня в заграничные командировки нецелесообразно. Мое руководство полагает, что опасения «соседей» беспочвенны, и всячески защищает меня перед ними. Думаю, что вопрос о моей поездке должен скоро решиться».
Письмо, которое привез с собой Винн, несколько успокоило Пеньковского. Однако он все больше и больше начинал беспокоиться по поводу встреч с самим Винном, который прекрасно знал, что, приехав в Москву, подвергал себя огромной опасности. Пеньковского волновал вопрос: «Достаточно ли осторожно ведет себя Винн, общаясь со мной?» Англичанин же в этой ситуации вел себя предельно осторожно. Опасения в отношении англичанина у Пеньковского, вероятнее всего, были вызваны его собственным нервным состоянием.