В 1959 году в городе Калинине на базе Академии имени Дзержинского была создана Военная академия противовоздушной обороны СССР. В ней обучается персонал ракетных войск противовоздушной обороны страны.
Помимо этой академии, по приказу Хрущева был создан специальный научно-исследовательский институт, призванный решать проблемы, в частности связанные с радиоэлектроникой. Ему придан один экспериментальный ракетный батальон. Вся работа этого института направлена на совершенствование средств противоракетной обороны, или противоракет. Варенцов, Позовный и Бузинов говорят: «Слава Богу, наконец-то Хрущев от громких слов перешел к делу».
На основании того, что я услышал от Варенцова и других, могу смело утверждать, что у нас пока нет средств борьбы с ракетами противника. Однако работы в этом направлении ведутся интенсивными темпами.
Комментируя проблемы, с которыми сталкивается наша ракетная артиллерия, Варенцов и другие военные говорят примерно следующее: «Мы всегда подходим к решению своих проблем однобоко. Вот теперь все занялись только ракетами. Безусловно, они важны, но нельзя же забывать и об обычной артиллерии, о наших «старушках-пушках», которые состоят на вооружении полков и дивизий. А из-за этих ракет у нас, в классической артиллерии, нехватка буквально во всем. И не только у нас, но и в других родах войск тоже».
После того как Винн покинул Москву, Пеньковский приготовился к худшему. В комитете и Главном разведывательном управлении ему все еще доверяли или говорили, что доверяют. Во всяком случае, как он сообщил в «Записках», запрос на выезд его в заграничную командировку был направлен в Комитет государственной безопасности. «Одному Богу известно, каким будет ответ», — написал он. Пеньковский прекрасно понимал, что если ему откажут в выезде и во второй раз, то это будет означать, что он находится под подозрением не из-за своего отца, служившего в Белой армии, а по более серьезной причине.
В любом случае ему ничего не оставалось, как ждать решения «соседей» и обдумывать различные варианты побега. Его могли просто уволить из комитета и запретить дальнейшее общение с иностранцами. Если бы установили, что его отец был белогвардейцем, Пеньковский мог бы нажать на своих высокопоставленных друзей и знакомых, и тогда его оставили бы в комитете. При таком раскладе он планировал прежде всего обратиться за помощью к Варенцову и Серову, чтобы его, по крайней мере, не выгоняли из армии. Возможно, ему пришлось бы покинуть Москву. В этом случае Пеньковский постарался бы остаться в европейской части СССР, предпочтительно в Ленинграде. (На суде он признался, что именно этот город советовали ему его инструкторы из американской и английской разведок.)