Сам факт проведения этого суда уже сам по себе удивителен, так как других офицеров Советской Армии, уличенных в шпионаже, сразу же расстреливали. В декабре 1962 года, спустя всего месяц после ареста Пеньковского, в советской прессе промелькнуло сообщение о расстреле некого подполковника П., офицера-пехотинца, сотрудничавшего с американской разведкой. Хотя его характеризовали теми же словами, что и Пеньковского («эгоистичным», «скрытным», «отщепенцем» и «явным индивидуалистом»), тем не менее об открытом суде над ним даже и речи не шло. Суд же над Пеньковским должен был состояться. Причем открытый. И вовсе не потому, что восемь британских и американских дипломатов впоследствии были объявлены персонами нон грата за связь с советским предателем, или потому, что напрямую с ним работал иностранец Винн. Все дело в том, что Пеньковский являл собой слишком крупную фигуру, о которой можно было бы только вкратце упомянуть в прессе. Волна перемещений и увольнений, прокатившаяся по Советской Армии, требовала объяснений. Кроме того, суд над офицером, имевшим в среде военного руководства страны массу друзей и знакомых, мог послужить для остальных военнослужащих серьезным предупреждением — тех, кто вынашивает коварные планы против партийного руководства, ждет плачевный конец.
Шесть месяцев прокуратура готовила судебный процесс, который длился всего четыре дня. В 1964 году, благодаря обмену, Гревилл Винн покинул тюрьму на Лубянке и, вернувшись домой, поведал миру о том, как готовился этот судебный процесс и как при этом вела себя советская контрразведка.
После того как 3 ноября англичанина выкрали в Будапеште сотрудники советской и венгерской служб безопасности, его менее чем через двадцать четыре часа самолетом доставили в Москву. В Будапешт Винн ехал с тревожным чувством, так как после встречи с Пеньковским, состоявшейся в июле, он уже точно знал, что оба они находятся под пристальным вниманием советской контрразведки. Однако Винн отдавал себе отчет в том, что, уклонившись от участия в заранее согласованных переговорах в Будапеште, он тем самым лишит Пеньковского последней надежды представить их встречи в Москве за обычные деловые контакты. После почти двухнедельного пребывания в Венгрии англичанина арестовали.
Винна доставили на Лубянку и стали допрашивать. Допросы проводили генерал и его помощники. Порой обращались с арестованным отнюдь не вежливо. Англичанину предъявили вещественные доказательства, свидетельствующие против него и Пеньковского. Среди них были фотографии, снятые во время их встреч, и магнитофонная запись их последнего разговора в номере гостиницы «Украина». В конце концов ему и Пеньковскому устроили очную ставку и перекрестный допрос, который явился прелюдией к судебному процессу.