Умолчание о характере своей работы характеризовало Пеньковского отнюдь не как болтуна, а скорее наоборот — как осторожного в разговорах сотрудника разведки. Отсутствие же интереса к театру вовсе не могло служить позорным клеймом для профессионального военного, чьим хобби было изобретательство. Следователи КГБ даже не понимали, что показания тщательно подобранных ими свидетелей производили обратный эффект, делали личность Пеньковского весьма привлекательной.
Вторая основная проблема, с которой столкнулись власти на процессе, заключалась в том, чтобы не раскрыть суть информации, переданной Пеньковским на Запад. Обвинитель Горный заявил, что она «на девяносто процентов касалась вопросов экономики», поскольку подсудимый — якобы офицер, уволенный в запас, — долгое время работал в гражданском секторе народного хозяйства. И здесь вновь возникала неувязка. Из обвинения следовало, что материалы, которые советский полковник передавал иностранным, спецслужбам, касались одной из последних моделей советских ракет, Московского военного округа, государственных и военных тайн, двух специальных выпусков военного журнала… Эти и другие факты постоянно упоминались в речи прокурора.
И вновь обвинение оказалось в очень сложной ситуации. Генералу Горному хотелось особо подчеркнуть тяжесть совершенного Пеньковским преступления, но он не мог сообщить на суде, какие действительно важные сведения передал он на Запад. Не мог он объяснить и того, как простой офицер запаса смог получить доступ к материалам, составлявшим государственную тайну. Как и следовало ожидать, соображения безопасности одержали верх — сообщение о характере сведений, которые Пеньковский пересылал иностранным спецслужбам, а также вынесение ему приговора происходили при закрытых дверях.
Даже после суда главный обвинитель Горный счел необходимым сделать газете «Известия» следующее заявление:
«По окончании суда у некоторых наших граждан сложилось впечатление, будто Пеньковский передал врагу почти все секреты, касающиеся нашей военной техники и обороноспособности Советского Союза. Однако оснований для подобных опасений нет. Пеньковский по своему служебному положению был слишком далек от информации, касающейся вооружения наших войск, мест их дислокации и новых видов вооружения. Иностранным спецслужбам он сумел передать лишь некоторые отчеты наших технических специалистов, выезжавших за рубеж, разрозненные данные военного характера, которые ему удалось выведать у своих болтливых друзей и почерпнуть из засекреченных изданий. И еще он посылал на Запад информацию о внутриполитическом положении страны».