В 1925 году начальник Спецотдела ОГПУ Г. И. Бокий благодаря своим успехам в «секретной войне» сумел занять должность заместителя председателя ОГПУ. Он организовал образцовую работу по вопросам криптологии и радиоразведки. В 1926 году была введена в действие «Инструкция по ведению секретного и шифровального делопроизводства».
7 января 1925 года комиссия НКИД заслушала доклад о работе секретной части и постановила объединить секретную и шифровальную части и назвать вновь созданное подразделение секретно-шифровальной частью НКИД. Через два месяца, 7 марта 1925 года, было принято решение о ликвидации секретной части и создании вместо нее в составе шифровальной части 3-го (секретного) отделения. 9 марта 1925 года Коллегия НКИД утвердила это решение.
В этом же году нарком иностранных дел Г. П. Чичерин снова затронул вопрос о пополнении персонала шифровальщиков. 21 апреля и 8 мая 1925 года он обратился по этому вопросу в секретариат ЦК РКП(б): «Недостаточность персонала нашей шифрчасти становится уже государственной опасностью».
В конце 1925 года секретариат Коллегии НКИД начал функционировать на правах управления, секретно-шифровальная часть была переименована в секретно-шифровальный отдел, а три отделения, которые входили в его состав, переименованы в 1, 2 и 3-й подотделы соответственно.
В сентябре 1926 года названия управлений Штаба РККА стали номерными. Военное Разведывательное Управление превратилось в IV Управление Штаба РККА. Шифровальное отделение было выведено из состава 2-го (агентурного) отдела и реорганизовано в 1-ю (шифровальную) часть IV Управления, начальником которой стал Вольдемар Янович Закис (1896–1938), а его помощником — Эдуард Янович Озолин (1898–1938). Шифровальный отдел при РВС СССР был реорганизован в 2-й отдел Управления делами НКВМД и РВС СССР.
9 декабря 1927 года приказом ОГПУ № 242/96 было утверждено Положение о специальных отделениях при Полномочных представительствах (далее — ПП) ОГПУ. Эти отделения выполняли такие задачи:
— организовывали секретное и шифровальное делопроизводство во всех учреждениях, расположенных на территории ПП ОГПУ как местного, так и союзного значения;
— осуществляли контроль за порядком ведения и хранения мобилизационных и шифровальных материалов;
— вели учет лиц, которые ведали секретной перепиской в советских учреждениях;
— создавали шифры и обеспечивали ими все учреждения, расположенные на территории полномочного представительства за исключением тех, которые использовали шифр, установленный Специальным отделом ОГПУ.