Авот к Гонзага война благосклонности не проявила: 9 августа 1509 года венецианцы взяли в плен и посадили в тюрьму бывшего своего главнокомандующего. Лукреция горевала, а вот Эсте ничуть не обеспокоились, в особенности Изабелла: она дала волю своему административному таланту и политическим интригам, теперь ей не мешало присутствие все более враждебно настроенного к ней супруга и его окружения. Впоследствии папа заявил, что Гонзага посадили благодаря закулисным действиям Альфонсо и Ипполито. По свидетельству Гонзага, писала ему только Лукреция (все ее письма к нему пропали), лишь она беспокоилась о нем, пока он сидел в венецианской тюрьме.
В отсутствие мужей Лукреция и Изабелла обменивались военными новостями. В начале июня маленький Эрколе сильно болел, и его врач, Франческо Кастелло, очень беспокоился о нем. Альфонсо также слал по два письма в день, справлялся о здоровье ребенка. Лукреция снова была беременна, и снова она занялась реконструкцией дома: в этот раз начала ремонт комнат, которые ранее занимала Изабелла.
В мае Лукреция часто писала к Альфонсо, обсуждала с ним военное положение, сообщала последние новости, спрашивала его мнение по разным вопросам. Время было опасное: войска часто перемещались. Как-то в один день она написала ему трижды: один раз, чтобы сообщить о том, что к Ферраре подходит отряд численностью примерно в 1500 человек. Ее просили дать им проход, солдаты уверяли, что идут воевать за короля Франции. Второй раз она сообщила о том, что взят в плен отряд венецианской пехоты, а в третьем письме спрашивала у него совета, должна ли она вернуть оружие отряду, которому она при условии разоружения разрешила пройти через город. 31 мая она получила письмо от градоначальника Кодигоро. В нем сообщалось о присутствии вооруженных венецианских кораблей, которые они преследовали на расстоянии восьми миль. Градоначальник просил у Альфонсо артиллерию, но Лукреция посоветовала ему думать лишь о собственной обороне, незачем начинать перестрелку, ведь дело кончится тем, что венецианцы пригонят сюда другие корабли. Вечером того же дня в Феррару пришла новость о победе Альфонсо: он отвоевал у Венеции свое владение — Полезино. Лукреция написала ему письмо, в котором горячо поздравила мужа. В Феррару прибыли послы Франции и императора Священной Римской империи. Лукреция оказала им достойный прием. Не будет ли Альфонсо так добр сообщить, прибудет он в Феррару встретить их или же они сами поедут к нему для переговоров? 1 июня, получив ответ, она сказала послам, что он назначил им встречу в аббатстве: там он осаждает две башни. Лукреция как заботливая жена послала туда «серебряную посуду и шпалеры, чтобы их немного поддержать». 4 июня пришло известие от правителя Равенны, брата легата понтифика в Болонье: он пожаловался, что люди из Кодигоро напали на них по дороге и отобрали ее посылку. Она немедленно написала и потребовала вернуть похищенное добро, а потом тактично уладила этот вопрос: в письме губернатору она сказала, что Альфонсо такие акции не одобряет, но он намерен жить в дружбе со своими соседями и в особенности с папскими чиновниками.