Насколько правдивы были эти слухи? О том ведали лишь несколько человек из семейства Борджиа. Лукреция все еще находилась в Сан Систо, а на Рим обрушилась трагедия. Пока Лукреция была в опале, Александр изливал свою любовь на ее братьев: 8 июня на заседании консистории он объявил Чезаре легатом на коронации короля Федериго в Неаполе. Это явилось откровенным проявлением семейственности: слишком молод и неопытен был его сын для такого назначения. Но это были еще цветочки: на другом, секретном заседании консистории, состоявшемся накануне, понтифик сообщил, что отдает во владение Хуану княжество Беневенто и города Террачину и Понтекорво. Передача важных папских территорий в наследственную собственность герцогу Гандийскому вызвала страшное негодование представителей этих городов, присутствовавших на собрании. Они расценили заявление папы как скандал. Цэубый и высокомерный Хуан успел к тому времени нажить себе влиятельных врагов, теперь же он стал главной мишенью враждебно настроенной к Борджиа оппозиции.
14 июня, в среду, ровно через неделю после заседания консистории, Хуан Гандийский исчез. Вечером того дня вместе с Чезаре и кардиналом Хуаном Борджиа Монреальским он присутствовал на обеде у своей матери Ваноццы. Прием она устраивала в саду в Сан-Марино-деи-Монти. Возвращаясь ночью, они остановились на мосту Святого Ангела, по дороге к Ватикану. Хуан сказал остальным, что должен их покинуть, так как ему нужно ехать куда-то одному. Оба кардинала и слуги Хуана, по словам Скалоны, пытались отговорить его ехать в одиночку: улицы Рима небезопасны ночью для одинокого богатого молодого человека, особенно когда враги Хуана не дремлют. Однако Хуан был непреклонен. Единственное, на что он согласился, — послать одного из своих грумов в апартаменты в Ватикане, чтобы тот взял его легкое «ночное оружие» и дожидался бы его на пьяцце Джудеа. Хуан попрощался с Чезаре и кардиналом Борджиа и развернул своего мула в сторону гетто. Видели, как сразу же скрывавшийся неподалеку мужчина в черном плаще и в маске уселся на мула и пустился следом; двое других ехали за ним на небольшом расстоянии.
Чезаре и кардинал Борджиа, обеспокоенные всей этой таинственностью, ждали некоторое время у моста возвращения Хуана. Когда же он не появился, поехали домой, «испытывая сильную тревогу и сомнения». На грума Хуана, отправленного за оружием, по дороге напали: слуга получил легкие ножевые ранения, но так как, по словам Скалоны, «был он человеком сильным», ему удалось уйти от нападавших и он вернулся на пьяцце Джудеа, чтобы дождаться хозяина. Так и не дождавшись герцога Гандийского, он вернулся в Ватикан, решив, что Хуан проводит ночь с какой-нибудь римлянкой, как это часто случалось. Ни грум, ни Чезаре не сообщили папе в ту ночь об эскападе Хуана.