В отсутствие брата, проводившего кампанию в Романье, Лукреция в середине декабря с ужасом услышала об убийстве еще одного соратника Борджиа — Хуана Сервиллона, человека, который еще месяц назад нес малютку Родриго к купели. Как и многие другие преступления того времени, эту смерть приписали Чезаре, но, по словам Бурхарда, «у него было много врагов», и убийство это мог совершить любой из них. Чезаре был совсем уж невероятным кандидатом.
О том периоде жизни Лукреции в Риме мало известно. Отцу и брату было сейчас не до нее: они сосредоточились на исполнении сложных планов Чезаре. Хронисты отмечали, что она с Альфонсо участвовала в процессии, следовавшей в Латеран. Вместе с нею ехала сотня всадников, включая мужа Джулии Фарнезе, Орсино Орсини. Все они участвовали в торжествах по случаю наступления юбилейного 1500 года, объявленных понтификом 24 декабря. В планах Александра Лукреции все еще отводилась заметная роль. В этот раз за счет семьи Каэтани ей достались земли Сермонеты и другие территории к югу от Рима. Владения эти Александр экспроприировал у главы клана, Рульельмо Каэтани, дяди Джулии Фарнезе. В феврале 1500 года Лукреция владела не только землями к северу от Рима, но и стала правительницей Сермонеты. Через пять месяцев Гульельмо Каэтани был отравлен ядом. Обращала ли внимание Лукреция на все эти ужасные события? Возможно. Протестовала ли? Почти с полной уверенностью можно сказать «нет». Только когда насилие коснулось ее ближайшего окружения, она взбунтовалась против безжалостности отца и брата.
Как и раньше, судьба Лукреции и ее близких тесно связывалась с планами и амбициями Чезаре. В последнюю неделю февраля брат с триумфом вернулся в Рим. Вступление его в город было тщательно срежиссировано, и город, забитый паломниками и иностранными гостями, с восторгом наблюдал за торжествами встречи Нового года.
Представление вызвало радостные чувства горожан, упивавшихся римским триумфом. По широкой виа Лата (сейчас виа Корсо) от ворот дель Пополо прошествовали высшие чины ватиканской курии. Кардиналы в пурпуре и горностае, со свитой в богатой ливрее, послы из всех стран христианского мира, тоже со свитой. А вот организация праздника за вратами дель Пополо довела папского церемониймейстера Бурхарда чуть ли не до отчаяния. Люди подходили к дороге из всех деревень и присоединялись к шествию. В результате вместо парада получилась неорганизованная толпа, никакого внимания к папскому протоколу! То же и с наемниками Чезаре, швейцарцами и гасконцами. Пять их групп с собственными штандартами отказались подчиниться указаниям Бурхарда и «неприлично» влились в процессию, заняв места, на которые не имели права. Наиболее упорядоченную часть колонны составляли повозки Чезаре, мулы под алыми с золотом попонами, затем два глашатая, один из них наряжен в одежду, повторявшую цвета французского флага, другой — в ливрею Чезаре. За обозом следовала тысяча пехотинцев в полном боевом облачении и сотня телохранителей с серебряной надписью «CESAR» на груди. За пятьюдесятью пышно одетыми придворными проскакала кавалерия, возглавляемая прославленным кондотьером Вителлоццо Вителли. И далее шествовал сам Чезаре с кардиналами Орсини и Фарнезе, чуть позади — Альфонсо Бисельи и Жофре.