На Чезаре был простой костюм из черного бархата. Единственное украшение — золотая цепь ордена Святого Михаила, символ нового высокого ранга. Простое платье драматически подчеркивало внешность, не то что яркие шелка, в которые полтора года назад он был одет перед отъездом во Францию. С тех пор его почти всегда видели в черном, и цвет этот, казалось, отражал его душу, которая день ото дня становилась все темнее.
Александра переполняла отцовская гордость. Послы, присутствовавшие на приеме в зале дель Папагалло, обратили внимание на то, что папа чрезвычайно растроган: он то плакал, то смеялся, нежно обнимал Чезаре и даже тепло приветствовал пленницу сына, Катерину Сфорца, женщину, пытавшуюся его отравить. Он удобно устроил ее в Ватикане. (Когда же она не подписала документ, согласно которому ей и ее детям надлежало отказаться от прав на Имолу и Форли, Катерину перевели не в столь приятное помещение — темницу замка Святого Ангела.) На следующий день Чезаре поставил аллегорическое шествие, посвященное триумфам Цезаря, и папа пришел в восторг и настоял, чтобы процессия дважды прошла под его окнами. 29 марта он вручил Чезаре золотую розу, знак высшего отличия, даруемый Церковью ее защитникам, и сделал его гонфалоньером и капитаном Церкви. Внимательные послы расценили эту номинацию как полный переход Церкви под начало Борджиа. В руках отца были духовные и светские полномочия папства, а сын управлял папскими войсками. Борджиа забирали власть в Романье, и будущее представлялось потенциально опасным.
5 февраля 1500 года в Милан вернулся Лодовико, и французы потерпели поражение в Ломбардии. Без помощи французов Чезаре пока не мог завоевать Романью, и Борджиа взяли паузу. Однако в апреле в Новаре французы разгромили Моро, взяли его в плен и заточили в замок Лохес в Турине, где он через восемь лет скончался. Печальный конец для некогда великолепного миланского герцога, погубившего как самого себя, так и свою страну. Леонардо да Винчи написал в записной книжке эпитафию по случаю смерти бывшего своего патрона: «Герцог потерял состояние, государство и свободу, не завершив ни одного из своих начинаний». Новость эту встретили криками «Урсо [Орсини]» и «Франция», сторонники Орсини зажгли костры возле дворца Орсини Монтеджордано и на площади у пантеона. Асканио тоже был схвачен и препровожден в тюрьму Бурже. Папа вручил 100 дукатов гонцу, принесшему весть о поражении Лодовико. Такую же сумму он выложил за Асканио, бывшего своего союзника. По свидетельству Бурхарда:
Папа получал от него [Асканио] жалкие письма, в которых он перечисляет, как за три дня потерял брата, страну, честь, имущество и свободу. Он умолял Его Святейшество, чтобы тот каким-нибудь удобным ему способом освободил его. В конце письма поставил подпись: «несчастный и отчаявшийся Асканио». На коллегии кардиналы обсудили этот вопрос, и папа своего мнения не выразил, соглашаясь на словах с тем человеком, с которым он в этот момент разговаривал. Сочувствия он, однако, не выказывает…