Такой самолюбивый и амбициозный человек, как Чезаре, не мог допустить оппозиции в собственной семье, тем более что противостояние угрожало его собственным интересам, и не только политическим, связанным с французским альянсом, под удар ставилось его личное положение в Ватикане. Рушилась тесная связь с самыми близкими — отцом и сестрой. Начало карьеры зависело от отца как источника власти, Чезаре требовалось, чтобы Александр шел по пути, отвечавшему его интересам. Никому не дозволялось встать между ними. Сильная привязанность Чезаре к Лукреции всем была хорошо известна, однако ее проарагонские симпатии могли повлиять на отца, не чаявшего души в дочери. Ревность к Альфонсо, которого Лукреция горячо любила, могла возбудить в нем ненависть к шурину. Чезаре смотрел на Альфонсо как на угрозу своим интересам, а потому герцога Бисельи следовало уничтожить. Сначала он хотел сделать это руками Орсини, однако не сладилось, и Чезаре выжидал, думая, что Альфонсо умрет от ран. Убедившись, однако, что он выздоравливает, Чезаре предпринял грубый и недвусмысленный шаг, чтобы покончить с Альфонсо.
В оправдание такого жестокого убийства он заявил, что Альфонсо, мол, пытался застрелить его из лука, когда он прогуливался по саду. Необходимо было убедить в этом Александра — тот поначалу очень расстроился, надо было доказать, что зять заслуживал смерти. Похоже, Александр, в отличие от всех остальных, такому объяснению поверил. Брандолини выносит вердикт убийству Бисельи: произошло оно, — пишет он, по причине «невероятного властолюбия Чезаре Валентинуа Борджиа».
Лукрецию, однако, такое объяснение не устроило. Она горевала по Альфонсо и негодовала против действий отца и брата. Такое открытое проявление горя беспокоило и раздражало Александра, и в начале сентября Лукрецию спровадили в Непи: пусть плачет там, где ее никто не видит. 4 сентября Катанео сообщил в Мантую, что папа «отослал дочь и невестку и всех остальных, кроме Валентинуа, потому что все они его раздражают». Чезаре, с показной заботой о личной безопасности, посетил Лукрецию, после того как несчастного Альфонсо торопливо и без лишней помпы похоронили. По свидетельству Катанео, «Валентинуа ходит повсюду с большой и хорошо вооруженной охраной. На следующий день после похорон дона Альфонсо Валентинуа отправился с визитом к донне Лукреции. Ее дом находится рядом с жилищем Валентинуа, который вошел в ее дворец в окружении ста охранников, вооруженных алебардами, и в полном боевом облачении. Похоже, он опасается семейства Колонны и короля Неаполя. Видно, что дружбе меж ними пришел конец». Простила ли Лукреция брату убийство мужа, неизвестно. Должно быть, чувство пылкой любви к сестре вынудило Чезаре явиться к ней столь скоро. Возможно, он попытался оправдаться и сообщил, что Альфонсо замышлял убить его. Вероятно, рассказал и о будущей своей военной кампании, в которой он надеялся уничтожить ее первого мужа, Джованни Сфорца Пезаро. Возможно, даже поведал о планах, которые вынашивали они с отцом относительно ее дальнейшей судьбы. В день, когда Лукреция уехала в Непи, говорят, понтифик обдумывал ее третье замужество, собирал деньги для приданого у людей, которым обещал кардинальские должности.