Вообще же жертвами репрессий во времена Ивана Грозного, по разным данным, стали от 400 человек до 10 тысяч; в помянниках, особых записочках набожного царя Ивана в церкви Московии о молитвах для поминовения усопших, упоминается около четырех тысяч человек (причем не только бояр, но и самых разных сословий: дьяков, купцов, даже собственных опричников!).
Митрополит Московский Филипп в одиночку, не сумев найти поддержки среди епископов Русской земли, выступил на богослужении в Успенском соборе против зверств Ивана IV: «Мы приносим жертву Господеви чисту и безкровну, за тебя, государя, Бога молим, а за олтарем неповинна кровь лиется християньская и напрасно умирают… О царю свете, сирень православна вседержавный наш государь, умилися, разори, государь, многолетное свое к миру негодование, призри милостивно, помилуй нас, своих безответных овец… Аще, государь, не велиши престати от сея крови и обиды, взыщет сего Господь от руки твоее»[30]. «Ближние мои встали на меня, ищут мне зла», — так ответил царь митрополиту-бунтовщику. Опричники Крузе и Таубе, родом ливонцы, передавали, что добавил он: «Я был слишком мягок к тебе, митрополит, к твоим сообщникам и моей стране, но теперь вы у меня взвоете»[31]. Были забиты публично слуги Филиппа; для обвинения самого митрополита Ивану пришлось собрать целую комиссию. В состав ее входили ярые приверженцы царской политики (архимандрит Феодосий, который стал затем духовником Ивана; князь Василий Темкин, выкупленный царем из ливонского плена и принятый в опричнину, и др.). Они сумели собрать показания очевидцев, позволившие лишить митрополита сана. В ноябре 1568 г. опричники во главе с Малютой Скуратовым принародно, в соборе, сорвали с Филиппа митрополичьи знаки, били по лицу и заточили, провезя с позором по Москве, в Тверском монастыре: на вечное заточение заменил Иван IV смертную казнь, к которой Филипп был приговорен собором. Но, чтобы приговор не пропадал, позднее по царскому приказу бывший митрополит был удушен в местах заключения Малютой.
Все эти зверства, описанные в разных источниках, в глазах очевидцев тогдашних событий перекрывает разорение Новгорода, какового на Руси не учиняли даже татары. По ложному доносу некоего Петра, о котором летописи говорят, что то был бродяга, изгнанный новгородцами и искавший мести, поздней осенью 1569 г. Иван Грозный отправился в Новгород, чтобы изничтожить его за измену — за сговор тамошних бояр с поляками: «…архиепископ Пимин хотел с ними Новгород и Псков отдати литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всеа Руси хотели злым умышленьем извести…»