2 января опричники окружили город, чтобы никто не сбежал, и прибывший несколькими днями позже царь огнем и мечом сокрушил, как он верил, гнездо политического и церковного заговора: ведь город не только собирался перейти под власть другого светского владыки, но и принять «латинскую» веру. Повинного в том архиепископа Пимена били, в наряде скомороха везли по Руси на осле задом наперед, лишили сана; он умер в заточении. Всех монахов и священников били батогами: царь потребовал с каждого по 20 руб. штрафа и приказал поставить на правеж, как должников, поскольку они не могли платить. Многие бояре, купцы и служилые люди, чиновники — дьяки и подьячие были осуждены на смерть: их жгли огнем, а затем бросали, проволокши за руки по льду и снегу до Городища, с моста в Волхов; топили новгородцев целыми семьями, привязав младенцев к матерям. На город и всех его жителей был наложен огромный штраф, который новгородский посад должен был выплачивать еще и год спустя. Царь приказал грабить купеческие лавки и разрушать торговые строения; тех же, кто по делам торговли был в Нарве, он достал и там: опричники прибыли туда, разграбили и сожгли лавки, утопили и пожгли товары, а самих купцов оштрафовали на восемь тысяч рублей, и некоторые, не сумев уплатить, умерли от побоев. В течение шести недель город и округа его радиусом до 200 верст подвергались разграблению и уничтожению, многие жители его казнены, а прочие — биты едва не до смерти. Новгород, город крепкий и богатый, опустел: «По Малютине скаске новгородцев отделал тысящу четыреста девяносто человек»[33] — и впал в нищету.
В дальнейшем, когда Иван Грозный приструнил и запугал своих недругов, те изредка лишь предпринимали попытки бежать в Литву, как то ранее и с успехом сделал князь Курбский, но о покушениях на жизнь царя или царевичей даже речи не шло. Тем не менее казни продолжались до самой смерти царя; причин для этого Иван Грозный находил в избытке: «Царь и его советники были убеждены в существовании масштабного заговора…»[34]
Обуздав бояр, царь Иван Васильевич понес и личные потери: он, как и в детстве, терял близких людей, к которым привязывался и которых любил. Многих новгородцев привезли для следствия о заговоре в Александровскую слободу; следствие продолжалось вплоть до лета 1570 г. Среди казненных 25 июля были не только новгородцы, но и москвичи, причем ближайшие царевы советчики (дьяк И. М. Висковатый, хранитель большой государственной печати; распорядитель царской казны Н. А. Фуников-Курцов; глава Большого прихода (министерство финансов) И. Булгаков и др.), обвиненные огульно в сговоре с поляками и татарами, с князем Владимиром Старицким и пр. Казнили, как было заведено в традицию при Иване Грозном, с семьями, и казнили страшно: четвертовали, в кипятке живыми варили. Умер в застенке, в оковах князь Афанасий Вяземский; ближние Ивану-царю отец и сын Басмановы были сосланы; по приказу государя Федор казнил собственного отца Алексея, но и сам погиб в опале.