13 апреля 1605 г. Борис скончался, как говорили, от отравы: накануне он был здоров и весел, а затем вдруг из ушей и ноздрей полилась у него кровь, и он рухнул замертво. Сын его Федор остался на царстве после отца; был он разумен и прекрасно образован. Москвичи дали ему присягу в верности, крест целовали. Но ему не суждено было править Русью: воеводы, не желавшие видеть династию Годуновых во власти, и присоединившийся к ним Петр Басманов сдали войско русское самозванцу, звавшемуся Дмитрием Угличским. Вскоре с Годуновыми было покончено: разоряли их имения, били иноземцев, ближних к умершему царю Борису; патриарха Иова сослали в Старицкий монастырь, лишивши сана. Всех родичей Бориса Годунова сослали по разным городам и весям, а жену его царицу Марию задушили князья Голицын и Мосальский со стрельцами. Убили и Федора, который долго сопротивлялся смерти; лишь сестра его царевна Ксения выжила в этой бойне; ее ждала судьба наложницы нового царя. Народу сказали, что Годуновы отравились со страху перед приходом законного государя. Гробы, в коих Годуновых хоронили, были самыми простыми, и могилы в Варсонофьевском монастыре недалеко от Лубянки вскоре всеми забыты: их хоронили без отпевания, как совершивших грех самоубийства…
Теперь уж ничто не мешало воцарению Лжедмитрия. В июне 1605 г. народ московский ждал царя; стольный град встречал его звоном колоколов и радостными криками жителей. Чтобы признать в нем законного царя, требовалось слово патриарха и матери Дмитрия, в постриге принявшей имя Марфа. С этим проблем не было: патриархом стал рязанский архиепископ Игнатий, первый принявший Лжедмитрия как настоящего царя. Марфу вызволили из монастыря, и народ умилялся, глядя, как любят друг друга мать и сын, с каким сыновним уважением Лжедмитрий говорит с матерью. Надо ли говорить, что признание Марфой Дмитрия не является доказательством его чудесного спасения? Как матери царской отныне ей стали доступны многие блага жизни, о которых в монастыре она уже успела позабыть. Чуяло или нет материнское сердечко в Лжедмитрии давно потерянного сына, неизвестно, но очень многое говорило за то, чтобы не терять такого повода отомстить и поцарствовать всласть (известно, что позднее она посылала втайне от Лжедмитрия гонца к польскому королю Сигизмунду сказать: самозванец — не ее сын Дмитрий).
Все в новом государе нравилось: и слезы его от счастья видеть своих подданных и Москву, и набожность, и милость к народу. Не нравилось лишь его откровенное принятие не только православных, но и католических обычаев; он даже собирался строить католическую церковь в Москве для своих поляков и прочих иностранцев. Среди бояр вновь поднималась крамола: князь Василий Шуйский, который использовал самозванца, чтобы извести Годуновых, теперь получил свое и хотел большего — царской власти. Когда Лжедмитрий прибыл под Москву, он признал в нем спасшегося царевича, а сейчас посылал своих ближних говорить на московских площадях, что сам он хоронил царевича Дмитрия в Угличе, сам видел его тело, а потому на троне нынче сидит самозванец. Шуйский был арестован царем (о его речах мятежных узнали и донесли царю). На суде Шуйского обличали и сам Лжедмитрий, и народ московский; приговором за измену была смертная казнь. У плахи тот уж сказал зевакам, что страдает за правду и русский народ, но тут ему объявили помилование от царя.