Когда наконец цари и регентша вернулись в Москву, началось правление Софьи, продлившееся семь лет. О том, какой правительницей была царевна Софья, написано довольно много. Нам же интереснее, нежели современные исследования, мнения ее современников, тех, кто пожил под ее властью и на себе испытал достоинства и недостатки. Например, непримиримый враг Софьи Алексеевны и верный сподвижник ее сводного брата Петра князь Б. И. Куракин, отзываясь о царевне, взявшей бразды правления в собственные руки, как о «великого ума и самых нежных проницательств, больше мужеска ума исполненной деве», очевидно, противопоставлял период просвещенного правления Софьи темному и несправедливому времени, когда у власти стояли Нарышкины: «Правление царевны Софьи началось со всякой прилежностью и правосудием и к удовольствию народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было. И все государство пришло во время ее правления через семь лет в цвет великого богатства, также умножились коммерции и ремесла, и науки почали быть… и торжествовала тогда вольность народная»[47]. Кстати, тот же князь Куракин обвинял Наталью Кирилловну Нарышкину и ее ближних (но не Софью), в том, что «началось неправое правление от судей, и мздоимство великое, и кража государственная, которое доныне продолжается с умножением… и вывести сию язву трудно»[48].
Виднейшим деятелем при Софье был князь Василий Голицын, человек просвещенный и активный (фаворит и возлюбленный царевны, однако ж не для себя старавшийся, но для пользы государственной). Во главе стрельцов Софья поставила Федора Шакловитого, подьячего Тайных дел приказа, учрежденного при батюшке ее, царе Алексее Михайловиче, в догляд за важнейшими делами, в том числе и для следствий по делам внутренним, политическим. В то время как Голицын вел дипломатические переговоры и войны, Шакловитый сдерживал и преследовал внутренних врагов власти; он прекрасно осознавал: если Софья с трона полетит, то и его голова на плечах не удержится. Надежды, что Иван Алексеевич когда-либо сможет стать не первым, а единственным царем, если у кого и были, таяли, в то время как царь Петр рос, приближаясь к совершеннолетию. Он с матерью и приближенными жил в основном не в Москве, а в ближних к столице селах, устраивая там «потешные» военные игрища, а в Кремле бывая лишь на официальных церемониях. Сам он, не имевший навыка в государственных интригах, вряд ли мог готовить переворот в свою пользу, но партия его не дремала.
Настал 1689 г., Петра оженили на Евдокии Лопухиной, и ему исполнилось 17 лет, что стало знаком к началу активных действий с обеих сторон. Софья умом-то понимала, что надо отдавать брату власть, но, по понятным причинам, не желала, а как укрепиться на престоле в обход юного Петра, царя, при котором она была лишь временной правительницей, она не знала. Стрельцы не поддержали Софью в ее желании венчаться на царство шапкой Мономаха, а на самовольное ее именование себя в государственных бумагах «самодержицей» бурным протестом ответила партия Петра.