Что и говорить, на Руси, где царствовать женщине без мужчины — брата, мужа — было неприлично, простой народ был теперь на стороне взрослеющего Петра Алексеевича. Софья спасла Москву и единство страны во время стрелецких и раскольничьего бунтов, за то ей честь и хвала. Но теперь на троне ей не место: ведь царь, законный наследник династии Романовых, вырос и может править самостоятельно. Недовольство в народе и среди приближенных вызывали и неудачи Крымских походов, учиненных Софьей и В. Голицыным. Пришло время действовать.
Петр с подачи своих советников — матери и своего воспитателя Бориса Алексеевича Голицына — стал чинить препятствия сестре: то запретил ей участвовать в крестном ходе, то выступал против наград участникам провалившегося Крымского похода. В начале августа Софья стала собирать в Кремль верных ей людей, призвала стрельцов, боясь, что Петр первым сделает активный шаг в их противостоянии и со своими «потешными» полками выгонит ее из Москвы. Ничего не знавшему о том и спокойно спавшему в своей постели Петру донесли: Софья подняла против него стрельцов! Что такое бунтующие стрельцы, Петр помнил с детства; он бросился в Троицкую лавру, под защиту ее крепостных стен. Сюда же стали собираться его приспешники.
Софья Алексеевна поняла, что натворила из-за пустых опасений. Она желала перемирия, прислав сначала патриарха Иоакима, затем отправившись в лавру сама. Москва уже вопреки ее воле посылает Петру на поклон челобитчиков, стрельцы выдают молодому царю Ф. Шакловитого, а Василий Голицын, «свет очей», как именовала царевна его в своих письмах, сам явившись с повинной в лавру, был сослан за небрежение в Крымской войне и прочие преступления. По показаниям Шакловитого, под пытками назвавшего много имен, были арестованы другие приверженцы Софьи; но он так и не признался в том, что требовали палачи — в злом умысле на жизнь царя Петра. Ранней осенью 1689 г. Шакловитого и некоторых стрельцов казнили, а Софью Петр решительно отстранил от власти, ибо настало время «…нашим обоим особам Богом врученное нам царство править самим, понеже пришли есмы в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами, в титлах и в расправе дел быти не изволяем…»[49]. С Петра и пошло мнение, закрепившееся надолго в отечественной истории, о Софье алчной, ради власти готовой на все, а о времени ее правления как о мрачном и застойном. Она же остаток жизни, до 1704 г., провела в заточении в Новодевичьем монастыре под именем инокини Сусанны. Некоторые историки приписывают ее влиянию Московский бунт 1698 г., когда Петр, правивший по смерти брата-соправителя, уже единовластно, был за границей. В это слабо верится, поскольку не было у нее никаких способов установить связь с вольным светом: посещения, да и то лишь родных сестер да теток, ей разрешали только раз в год, на пресветлую Пасху. Софья стремилась к власти, но можно ли ее винить в том, зная, что ее правление принесло стране много хорошего? Она была не лучше, но и не хуже своих противников в извечной битве за власть, «и если Софья очутилась в рядах нападающих, то ведь там, где идет борьба, надо же кому-нибудь нападать и кому-нибудь защищаться»