Узнав в Вене от Ромодановского о бунте, Петр поспешил в Москву. С головой он погружается в розыск виновников, считая, что Шеин был слишком мягок в пытках и казнях и не открыл всех нитей заговора. По его распоряжению были арестованы все мятежники-стрельцы (общим числом 1041); началось царское следствие. Царь не искал вины; он уже решил, что все стрельцы будут казнены. Он дознавался об истоках заговора, все нити которого вели к царевне Софье. Сегодня считается бездоказательным, что Софья из Новодевичьего монастыря могла поднять стрелецкое восстание; сама она обвинения не признала. Для Петра хватило улик, добытых под страшными пытками: А. Маслов и В. Игнатьев рассказали, что получили от нее письмо.
Ранней осенью начались первые казни — вешание, колесование и отрубание голов; общее число казненных достигло 799 человек. Пять месяцев стояли по Москве виселицы, с которых не снимались тела бунтовщиков. Стрельцы в возрасте до 20 лет были отправлены в ссылку. Казнить Софью, в монашестве Сусанну, Петр не мог; в назидание перед окном ее кельи висели три трупа, зажавших в пальцах листки бумаги — символ писем, которые Софья посылала стрельцам.
Так со стрельцами-пакостниками было покончено…
Первенец родился у Петра еще в 1690 г., 18 февраля. Отцу самому было тогда лишь 18 лет, и совершенно другие игрушки отвлекали его от сына — корабли. Он постоянно бывал то в Архангельске, то в Переславле, на верфях, а затем задумал поход на Азов.
Свою жену, царицу Евдокию Федоровну, происходившую из рода бояр Лопухиных, царь Петр не любил; он женился лишь по настоянию матери, которая сама и выбрала ему невесту. Окончательно охладел он к ней, познакомившись с красавицей Анной Моне, а в 1694 г., когда мать его Наталья Кирилловна умерла, жену бросил. Той оставалось заниматься лишь подраставшим сыном (второй, Александр, умер вскоре после рождения). Царевич Алексей с детства слышал разговоры царицы с ее приближенными, осуждавшими его отца. Когда Петр в 1698 г. вернулся из-за границы, Алексею уже исполнилось 8 лет. Он, обучавшийся грамоте по традиционной книге для чтения — Часослову, занимался неохотно и частенько бивал своего наставника, не желая выполнять урок. Петр отправил супругу в монастырь, а сына решил послать учиться в Дрезден, но Карл XII нарушил этот его план, угрожая Саксонии войсками. Алексея отныне обучал барон Генрих Гюйссен (или Гизен), но и ему не удалось сделать из мальчика наследника Петру: Гизен часто ездил за рубеж с дипломатическими миссиями, а царевич, «природным умом не дурак», как говорил он о себе сам, в то время скучал в Преображенском. И за границей, куда настойчивый Петр все ж таки послал отпрыска на обучение, Алексей не выучился практически ничему; правда, он легко говорил на немецком и французском языках, но чертежей не читал и составить бы не смог, и военной наукой не овладел, так как было «зело противно и чинил то с великою леностию, только б, чтобы время в том проходило, а охоты к тому не имел»