Поэтому на Кальвина не производит никакого впечатления то, что настроенное против него большинство нового Совета города очень вежливо дает ему понять, что ради мира в городе ему следует отказаться от дикой политики отлучения от церкви и присоединиться к более мягким воззрениям Бернского Синода; такой упрямый человек, как Кальвин, никакого справедливого мира не примет, если из-за этого ему придется уступить хотя бы самую пустяковую мелочь. Любой компромисс совершенно невозможен для его авторитарной натуры, и так как магистрат противится ему, он, требующий от всех других безусловного подчинения любой власти, совершенно не задумываясь, становится мятежником, восстает против власти. Открыто с кафедры поносит он Малый совет и объявляет, что «предпочтет умереть, чем отдать святое тело господне на растерзание собакам». Другой проповедник в церкви именует Совет города «сборищем пьяниц»; твердо и незыблемо, словно скала, приверженцы Кальвина дают отпор городским властям.
Но магистрат не может терпеть такие провокационные выступления проповедников против его авторитета. Сначала он недвусмысленно указывает, что с церковных кафедр должно излагать исключительно только слово Божье, что пользоваться церковной кафедрой в политических целях запрещается. Но поскольку Кальвин и его приверженцы хладнокровно оставляют этот приказ без внимания, магистрату ничего иного не остается, как запретить проповедникам выступать с церковных кафедр; наиболее же агрессивный из них, Курто, за открытое подстрекательство, как бунтовщик берется под стражу. Тем самым государственная власть объявляет открытую войну власти церковной.
Кальвин решительно принимает ее. Сопровождаемый своими приверженцами, он пробивается в кафедральный собор Св. Петра, упрямо вступает на запрещенную ему кафедру, и, так как его сторонники и противники прорываются в собор с оружием (одни — для того, чтобы слушать запрещенную проповедь, другие — чтобы ее запретить), возникает свалка, едва ли не сделавшая пасху кровавой. Тут терпение магистрата лопается. Он созывает Большой «Совет 200», высшую инстанцию города, и ставит вопрос о том, чтобы Кальвин и другие проповедники, злонамеренно пренебрегшие приказом магистрата, покинули город. Подавляющим большинством Совет принимает это решение. Мятежных священников освобождают от занимаемых ими должностей и приказывают им в течение трех суток покинуть город. Изгнание, которым Кальвин последние восемнадцать месяцев угрожал такому большому количеству горожан Женевы, суждено теперь ему самому.