Костенко действительно был типичным героем «смутного времени»: дерзкий, в грош не ставивший собственное начальство, он не только стяжал сомнительную славу неуправляемого командира, но и обвинялся в расстрелах пленных и грабежах. Фактически Костенко превратил Бендеры в собственную баронскую вотчину и едва ли собирался умерять свои амбиции. Даже недоброжелатели Костенко отмечали его храбрость. Даже его симпатизанты отмечали его жестокость.
Как бы то ни было, на бендерского батьку-атамана имели зуб сразу несколько влиятельных в Приднестровье людей. Однако поначалу конфликт разрешился без кровопролития: явившиеся по душу полковника российские военные не собирались стрелять в людей, которых считали своими. Поэтому в один прекрасный день перед базой бендерского батальона появились десантники с танками. Боевые машины сделали несколько холостых выстрелов, после чего батальон сдался. Пожелавшим уйти предоставили коридор, по которому ополченцы и вышли с оружием. После этого Костенко попытался уехать на Украину. Однако где-то в идиллических яблоневых садах неподалеку от границы повстанческого атамана настигли и убили. Тело бросили в машину, машину подожгли. С гибелью Костенко связана и очередная тайна. У трупа, перед тем как сжечь его, отрубили руки — скорее всего, чтобы исключить возможность идентификации по отпечаткам пальцев. Кому в действительности принадлежит тело, лежащее в могиле на Аллее героев в Бендерах, видимо, никто уже никогда не узнает. Даже в наши времена ходит слух, будто Костенко иногда приходит на свою могилу, — но это, пожалуй, больше похоже на романтическую легенду. А вот отрубание рук у трупа как раз слишком сильно походит на сокрытие следов.
Смерть Костенко стала финальным аккордом Приднестровской войны. Молдова и ПМР двинулись дальше — но разными дорогами.
В пофамильном, заведомо неполном списке жертв Приднестровского конфликта значатся 470 бойцов, выступавших на стороне ПМР. Кроме того, убитыми оказались не менее 309 мирных жителей, а также до полусотни людей, чей статус неясен. Погибли также не менее 343 человек из состава проправительственных вооруженных формирований. Наконец, в ходе противостояния были убиты 22 военнослужащих 14-й армии РФ. Таким образом, нижнюю границу людских потерь в ходе Приднестровского конфликта можно определить в 1100–1200 человек. В действительности потери были значительно больше, однако, увы, более точных подсчетов не существует.
Приднестровская война вызвала своеобразное эхо. Недовоевавшие ветераны боев под Дубоссарами и Бендерами поехали на Балканы и составили заметную часть русских волонтеров в войне на руинах Югославии. Самый известный из командиров русских отрядов в Боснии Александр Мухарев, широко известный как Саша Ас, начинал именно в Приднестровье в качестве бойца «спасательного» отряда, и приднестровские ветераны, поехавшие с ним в Боснию, составили костяк наиболее активной из воевавших на Балканах русской группы. Вместе с Асом из Приднестровья в Боснию уехал и молодой Игорь Гиркин, много лет спустя сыгравший огромную роль в другой войне, очень похожей по духу на Приднестровский конфликт. В 1992 году Гиркин участвовал в самой кровавой битве всего конфликта — сражении за Бендеры. Сослуживцам он запомнился своим оружием — трехлинейкой Мосина, а также своеобразной лексикой, на удивление литературной для зоны боевых действий. Быстро набравшись опыта, этот человек участвовал в нескольких войнах на руинах СССР, включая обе чеченские, а в 2014 году стал хорошо известен в бывшем Советском Союзе как Игорь Стрелков, командир гарнизона Славянска на Донбассе.