Это наступление армяне смогли сдержать лишь огромным напряжением всех своих сил. По некоторым данным — в том числе, как ни странно, опять с помощью русских. Оставшиеся в Армении ударные вертолеты Ми-24 были использованы вместе с экипажами. В конечном итоге армянам удалось приостановить наступление азербайджанских сил, однако их положение оставалось отчаянным. Азербайджанцы глубоко продвинулись по территории Карабаха с севера, Лачинский коридор находился под ударами с юга, Степанакерт бомбили с воздуха. Однако проблемой азербайджанских войск оказалось их «короткое дыхание». Развить успех они не смогли, и к осени порыв окончательно иссяк. Кроме того, в самом Азербайджане началась внутренняя смута, сильно сказавшаяся на боевых возможностях армии. Командующий войсками Сурет Гусейнов конфликтовал с Эльчибеем, и эта свара привела в итоге к оставлению войсками крупных участков фронта. Эльчибей попробовал было разоружить подчинявшиеся Гусейнову отряды, но только спровоцировал маленькую гражданскую войну в азербайджанских силовых структурах. Солдаты Гусейнова разбили пришедшую разоружать их часть и захватили в плен генпрокурора. Гусейнов обвинял правительство во всех бедах и неудачах, постигших страну, правительство обвиняло Гусейнова, и в конце концов мятежный командир начал наступление на Баку.
Однако новым правителем Азербайджана стал не Гусейнов. На первые роли в местной политике вышел Гейдар Алиев, ранее — глава Нахичевани (изолированной азербайджанской области, которая имела сообщение с остальной территорией страны только через Иран), а позже — глава парламента. После серии интриг и переговоров за закрытыми дверями Эльчибей был отправлен в отставку, Алиев назначен Национальным собранием и.о. президента, а позднее избран президентом Азербайджана.
Став национальным лидером, Алиев тут же расформировал 33 добровольческих батальона. С одной стороны, добробаты состояли преимущественно из сторонников оппозиции, так что режим личной власти Алиева укрепился, с другой — войска на фронте оказались серьезно ослаблены. Алиев последовательно подавлял любую оппозицию — и возглавлял Азербайджан до самой своей смерти. Правда, вскоре ему пришлось бороться с самопровозглашенной Талыш-Муганской республикой, опиравшейся на взбунтовавшиеся воинские части. Словом, внутренняя политика оказалась для нового властителя Азербайджана даже более серьезным вызовом, чем война с армянами Карабаха.
На фронте установилось шаткое равновесие. По совокупности военных и политических проблем Азербайджан утратил инициативу и не сумел завершить войну своей победой. Однако на армянской стороне тоже начали испытывать серьезную усталость от войны. Подъем азербайджанских войск из нокдауна и их нежданное контрнаступление нанесли тяжелые потери. Помощь Карабаху активно оказывала «большая» Армения. Официально Армения и Азербайджан не находились в состоянии войны, однако армянские солдаты и офицеры массово уходили добровольцами в отряды Карабаха, что Ереван, разумеется негласно, только приветствовал.