Острожские манипулировали непокорными казаками, но с переменным успехом. Казаки сами выбирали себе командиров и подчинялись им в бою — когда же возвращались к мирной жизни, ничто не мешало им не только сбросить атамана, но и казнить, если его действия шли вразрез с их нуждами. Сверх того, внутри казачества возникли серьезные противоречия, которые не сводились к одному противостоянию реестровых и нереестровых. В реестр набирали казаков-землевладельцев, что жили в городах и селах между Киевом и Чигирином. Им открывались пути к привилегиям, положенным воинам короля. Но возникла и другая группа — запорожцы, где много было бывших крестьян. Их “штаб-квартира”, Сечь, располагалась намного ниже по Днепру, на одном из островов за порогами. Запорожцы были недосягаемы для королевских чиновников, чаще других дрались с татарами, а во время восстаний Сечь служила опорой всем недовольным, что бежали в степи.
Наливайко, которому Острожские, очевидно, поручили держать в узде казацкую голытьбу — главным образом беглых крестьян, вскоре нашел общий язык с недавними врагами, заключив с Запорожьем союз. В начале 1596 года когда-то лояльный князьям атаман повел казаков на восстание еще большего размаха, чем предыдущее. В тот период Украина несколько лет страдала от неурожаев, и множество голодных крестьян ушло в казаки. В этот раз магнатам не хватило собственных войск для победы, поэтому вызвали армию Короны во главе со Станиславом Жолкевским, польным гетманом. В мае 1596 года поляки окружили лагерь казаков на Левобережье, под Лубнами. Старые, городовые, казаки обратились против новых и выдали полякам Северина в обмен на амнистию. Вождя повстанцев казнили в Варшаве. Надворный сотник стал бунтарем, а затем мучеником за казачество и православие — в глазах позднейших летописцев и романтиков. Среди последних оказался и русский поэт Кондратий Рылеев, который так же сложил свою голову за участие в восстании декабря 1825 года.
В конце XVI века фактор казачества стали принимать в расчет стратеги не только Речи Посполитой и Османской империи, но и других европейских держав. В 1594 году на Сечь приехал Эрих Ляссота фон Штеблау с предложением от императора Рудольфа II помочь Священной Римской империи в борьбе против турок. В то же время и с поручением подобного рода на Украине побывал папский посланец Александар Комулович (Алессандро Комулео). Из этих посольств ничего в общем не вышло, зато нам остались письма Комуловича и дневник Ляссоты, где описано демократическое устройство Запорожья, — весьма ценные источники по раннему казачеству. Слава о казаках, уже известных в Вене и Риме, скоро дойдет и до Парижа с Лондоном. Для Москвы же они будут представлять нешуточную угрозу.