К середине 1956 года были проведены теоретические исследования в области ПРО, а также начаты экспериментальные работы для их подтверждения и получены предварительные результаты. В июле 1956 года военные строители приступили к созданию полигона в Казахстане в пустыне Бетпак-Дала. На берегу озера Балхаш был создан НТЦ полигона и КП экспериментальной системы ПРО.
Завершить эскизный проект Кисунько удалось лишь осенью 1957 года — почти на год позже установленного срока. Материалы проекта включали несколько сотен увесистых томов. От «услуг» Минца он отказался сразу и принял решение о включении РЛС дальнего обнаружения «Дунай-2», к непосредственной работе над которой в институте Берга приступил конструктор В. П. Сосульников.
Определилась следующая конфигурация системы «А»:
РЛС дальнего обнаружения баллистических ракет (БР);
три радиолокатора точного наведения (РТН) противоракеты на цель, каждый из которых состоял из радиолокатора определения координат цели и координат противоракеты (ПР);
РЛС вывода (визирования) ПР (РСВПР);
станция передачи команд (СПК) на ПР;
СПК — самостоятельное технологическое средство системы «А»;
стартовая позиция (СП), на которой размещались две пусковые установки (ПУ) для ПР В-1000, комплекс аппаратуры стартовой автоматики для функционального контроля в составе системы и проведения автономного контроля всей стартовой позиции;
главный командно-вычислительный пункт системы (ГКВП) в составе центральной вычислительной машины М-40 (машинный зал) и центрального индикатора системы (ЦИС), с которого велись различные комплексные работы системы «А», включая боевую работу по реальным целям (БР).
Были развернуты огромного масштаба работы как в СКБ-30, так и по созданию полигона Войск ПВО страны (по масштабам строительных работ полигон Войск ПВО на Балхаше превосходил Капустин Яр, Семипалатинск и Тюратам). Множество объектов располагались на расстоянии в сотни километров друг от друга. Таких огромных полигонов в СССР еще не было.
Уже в 1957 году начались автономные испытания радиолокационных средств по реальным целям — БР и их головным частям. Начиная с 1958 года проводились летные испытания ПР В-1000.
Учитывая скоротечность процесса перехвата БР и невозможность вмешательства человека в этот процесс, а также высокие требования к точности наведения ПР на ГЧ БР, впервые в России (и, возможно, в мире) весь процесс перехвата цели был полностью автоматизирован с использованием цифровой вычислительной машины М-40. Эта машина была одной из первых разработок ИТМ и ВТ АН СССР, возглавляемого в то время академиком С. А. Лебедевым. Быстродействие машины составляло 40 тысяч одноадресных операций в секунду.