В течение нескольких недель решение большинства из этих проблем было найдено, что позволило к марту 1961 года завершить программу проводившихся на полигоне Капустин Яр государственных испытаний. 21 июня 1961 года было принято Постановление ЦК КПСС и Совета министров СССР № 561–233 в соответствии с которым комплекс С-125 с ракетой В-600П был принят на вооружение.
Отработанными к тому времени средствами С-125 достигалось поражение целей со скоростями до 1500–2000 километров в час в диапазоне высот 200—10000 метров на дальностях 6—10 километров. Обеспечивался обстрел целей, маневрирующих с перегрузкой до 4 единиц в диапазоне высот 5000–7000 метров. Околозвуковые цели на высотах более 1000 метров могли поражаться даже при маневре с перегрузкой до 9 единиц. В условиях применения пассивных помех наибольшая высота поражения целей снижалась до 7000 метров. При стрельбе по постановщику активных помех, осуществляемой по методу «трехточки», максимальная высота составляла 6000 метров, а минимальная возрастала до 300 метров. Максимальный курсовой параметр составлял 7 километров, увеличиваясь до 9 километров для околозвуковых целей. Вероятность поражения цели одной ракетой оценивалась в 0,82—0,99 с ухудшением до 0,49—0,88 при постановке противником пассивных помех.
В то же время с целью устранения недостатков, выявленных в процессе испытаний, 24 августа 1961 года Комиссией по военно-промышленным вопросам было принято решение № 173, которым определялась необходимость проведения основными разработчиками и испытателями следующих мероприятий: испытать радиовзрыватель ракеты на вертолете с целью определения минимальной высоты применения и устранения влияния пассивных помех на его работу; провести в августе — сентябре 1961 года 10 пусков ракет для испытаний доработанного радиовзрывателя, а в IV квартале 1961-го — I квартале 1962 года осуществить контрольные испытания в условиях низких температур. КБ-1 было поручено построить в IV квартале 1961 года на территории полигона стационарную вышку для имитации мишени, летящей на высоте 15–18 метров, проработать радиопрозрачное укрытие для антенного поста СНР-125; до конца года провести испытания СНР при воздействии активных помех от станции «Резеда» и пассивных помех, применяемых при полете на малых высотах, в режиме ручного сопровождения цели. Следовало также провести оценку взаимного влияния комплексов систем С-75 и С-125 при расположении их на расстоянии 5–6 километров друг от друга.
Аналогично практике ввода в строй серийных комплексов С-75 была создана стыковочная база комплексов С-125 на площадке № 50 полигона Капустин Яр, обеспечивавшая прием боевых средств системы от производителей, стыковку и настройку техники огневых дивизионов, передачу техники представителям войсковых частей.