В Париже Фома Аквинский пробыл три года, слушая лекции прославленного богослова-схоласта и алхимика Альберта Великого (1193–1280), а затем вместе с ним переехал в Кельн, где продолжал свои занятия. Внешне он отличался высоким ростом, чрезмерной полнотой и неповоротливостью. Усердно занимаясь богословием и философией, он так мало общался с другими студентами, что они прозвали его Немым Быком. В 1252 году Фома возвратился в Париж, получил степень магистра теологии и занялся преподаванием в университете.
Одновременно он начал самостоятельные богословские исследования. Фома взялся за поистине титаническую задачу – создать стройную систему теологии, соединив христианскую философию, которая до этого основывалась в основном на учении Платона и неоплатоников, с рационалистической философией Аристотеля, чьи трактаты к тому времени проникли в Европу и произвели ошеломляющее впечатление на умы многих богословов-схоластов. На теологические труды Фомы вскоре обратили внимание и в Ватикане. Папа Урбан IV увидел в нем человека способного наконец разрешить уже всем поднадоевший Спор об универсалиях. По его поручению Фома приступил к разработке общей теологической системы католицизма, которая смогла бы удовлетворить большую часть богословов. Он пишет трактат «Сумма теологии».
В этом трактате Фома разделил человеческое мышление на научное и теологическое. Научное познание объясняет закономерности мира, направлено вовне, на внешние объекты и не занимается внутренним миром человека. Последним занимается теология, которая познает такие истины как Божественное Откровение, Благая Весть – все, что относится к области веры. Философия может и должна, по мысли Фомы, разумно толковать истину веры, чтобы опровергать направленные против веры аргументы. Фома Аквинский считал философию своеобразной рационалистической подпоркой для иррациональной теологии. Его принцип: философия является служанкой теологии. Но и роль Разума в жизни человека Аквинат считал очень важной. Разум есть основное свойство человеческой души, с его помощью человек может управлять своей волей: кто против разума, тот и против человека.
В 1269 году папа направил Фому Аквинского в Парижский университет, где ему было поручено разрешить, наконец, Спор об универсалиях. Фома с честью справился с этой ролью. Он создал срединную теорию, объединившую в себе все позиции: универсалии существуют и до вещей (в Божественном разуме), и в вещах (как суть вещи) и после вещей (как название вещи, появляющееся в человеческом разуме при абстрагировании от нее).