Русификация Маньчжурии и Харбина вместо Сибири и Владивостока не только вызывала обиду у жителей Восточной Сибири, но и представляла угрозу для государства. Мир с Японией был хрупким. После войны русские и японцы подписали три договора, закреплявшие основные принципы, касавшиеся их имперских амбиций, но все омрачалось непростыми отношениями, усугублявшимися взаимным недоверием сторон, и в основу азиатской политики России легла необходимость не допустить недовольства со стороны Японии. Как сухо заметил Витте: «На Дальнем Востоке первую скрипку теперь играли не мы, а Япония:»>{143}. Поэтому уменьшение зависимости от КВЖД, которая всегда угрожала стать катализатором напряженности в русско-японских отношениях, имело огромное значение для русской внешней политики. Кроме того, учитывая, что Транссиб строился отчасти в военных целях, теперь он не мог им служить, если только не будет полностью проходить по российской территории. Согласно мирному договору, подписанному в Портсмуте, русским запрещалось использовать КВЖД для транспортировки армии. Ситуацию усугубляло еще и то, что китайцы начали оказывать противодействие продолжавшемуся русскому присутствию в Маньчжурии, абсолютно справедливо называя его вторжением.
В очередной раз строительство дороги было затеяно с военной целью. Вопрос о том, строить ли вообще, вызвал жаркие политические споры в ставших (слегка) более демократичными коридорах власти. Сторонники железной дороги одержали верх, и прокладка Амурской линии стала ключевым элементом политики России на востоке. Дорога сделала бы возможным строительство военных баз в Забайкалье, позволила бы усилить Тихоокеанский флот за счет улучшения материально-технического снабжения во Владивостоке и создать речной флот для патрулирования Амура, являющегося естественной границей с Китаем.
Витте, на тот момент уже вышедший в отставку, рассматривал строительство железной дороги как еще один акт агрессии, и вместо этого предложил усилить защиту КВЖД, хотя это, конечно, свидетельствовало о той роли, которую он сыграл в принятии решения вести дорогу через Маньчжурию. «Военная партия», как он ее называл, куда входили царь и высшие сановники, проигнорировала это предложение. Из чего следовало, что, принимая решение о строительстве Амурской железной дороги, правительство руководствовалось более военными и политическими соображениями, нежели заботой о нуждах местных торговцев. К тому же сооружение дороги обошлось очень дорого.
Оценки специалистов, занимавшихся изысканиями в 1890-х годах, оказались верными. Строить дорогу было очень трудно. Маршрут определялся, исходя из необходимости держаться как можно дальше от границы с тем, чтобы обеспечить защиту дороги от потенциальных атак с маньчжурского берега Амура, вдоль которого тянулась значительная часть путей, а также из желания задержаться на юге, где были более благоприятные условия для экономического развития и роста населения. В 1907 году проект был официально утвержден Думой