Вскоре после побед, одержанных им в Малой Азии, которую он передал в руки губернаторов, Баязид вернулся в Европу. Здесь ему необходимо было решать вопрос, связанный с Венгрией, король которой, Сигизмунд, стал его главным врагом. Действуя в провокационном духе, Баязид уже инициировал набеги на Венгрию и за ее пределы, где турок стали рассматривать как страшную угрозу Центральной Европе. Участники одного из набегов переправились через Дунай и вступили в первое сражение османов на венгерской земле, приобретя союзника в лице воинственной Валахии, стремившейся освободиться от власти венгров. Сигизмунд, понимая всю реальность угрозы, исходившей от турок, направил Баязиду послание. Баязид высокомерно отказался отвечать, лишь обратив внимание королевского посла на оружие, висевшее в его шатре.
Ответом Сигизмунда было вторжение в Болгарию. Он овладел крепостью Никополь на Дунае, но был вынужден оставить ее, когда против него выступило большое войско турок. Когда Мурад нанес поражение правителю Болгарии Шишману, то он разрешил Болгарии сохранить определенную автономию в качестве вассального государства. «Но теперь Баязид, не доверяя Шишману как союзнику в случае продолжения вторжения венгров, направил армию против Болгарии и, казнив Шишмана, присоединил всю страну к Османской империи. Подобно Фракии и Македонии, Болгария впредь должна была стать составной частью империи и вместе с Валахией в качестве вассального государства создать на Дунае сильный заслон против Венгрии. Ликвидируя подобные местные династии, Баязид сделал большой шаг в направлении создания на Балканах централизованной имперской власти. В вытекавшей из этого процесса османизации и до определенной степени исламизации Болгария утратила не только свою независимость, но и свою автокефальную православную церковь, живой символ болгар как народа. Прежде частично латинизированная, в основном она находилась под властью священников греческой православной церкви, которых нередко было труднее выносить, чем мусульманских пашей.
Баязид между тем готовился к тому, чтобы повернуть свои силы против Константинополя. В 1391 году скончался император Иоанн V Палеолог. Его преемник, Мануил, как послушный вассал султана, был низведен до предельной степени унижения, фактически доведен до полуголодного существования, удостоившись должности чуть-чуть более высокой, чем презренный камердинер при дворе своего господина. Теперь он бежал в Константинополь, где обеспечил себе обладание императорским троном. Его покойный отец начал восстанавливать стены города и сносить церкви, чтобы перестроить заново, искусно замаскировав их орнаментом, фортификационные башни, которые закрывали с флангов вход в бухту Золотой Рог. Услышав об этом, Баязид приказал снести башни, угрожая, что в противном случае Мануил будет ослеплен. Последним актом императора Иоанна, перед тем как он умер, было подчинение приказаниям султана.