К весне 1446 года он еще раз побывал в Адрианополе, по настоянию Халила, отношения которого с юным Мехмедом из плохих превратились в отвратительные, и был приветствуем народом. На улицах города народ приветствовал своего правителя, помня его отзывчивость и справедливость. Причиной повторного возвращения Мурада был политически неразумный и непрактичный план Мехмеда напасть на Константинополь в то время, когда армии османов были вовлечены в операции одновременно на границах Греции и Албании. Это опять являлось результатом конфликта между Халилом, проводившим политику мира, и группой высокопоставленных военных, стремившихся к войне, которых поддерживал воинственный молодой наследник трона. Но не смогли отвергнуть и сломить власть Халила, который пользовался поддержкой янычар, а также пойти против самого Мурада, на этот раз не собиравшегося отказываться от власти. Пришедшим был Мехмед, теперь вернувшийся в Магнесию, чтобы поразмышлять там о своих заблуждениях и умерить собственные не оправдавшиеся амбиции. Отец же его оставался на троне вплоть до кончины пять лет спустя. Вновь Мурад, менее всего желавший этого, был вынужден заниматься вопросом войны.
…Мехмед между тем воспылал в Магнесии чувством к девушке-невольнице по имени Гюльбахар предположительно албанского или греческого христианского происхождения, которая родила ему сына, позже правившего под именем Баязида II. Мурад считал ее недостойной невестой для своего сына из династических соображений и позже, когда юный наследник достиг семнадцати лет, устроил для него более подходящую партию, женив его с соответствующими торжествами на Ситт Ханум, дочери важного тюркского князя. Но Мехмед никогда не заботился о ней; она не принесла ему детей; а когда он в конце концов перевел свой двор в Константинополь, ее не взяли, оставив забытой в гареме дворца в Адрианополе. Впредь ни одна женщина не играла никакой, кроме минимальной, роли в его жизни.
В последние годы своей жизни Мурад находился в более дружественных отношениях со своим сыном, который наносил визиты в Адрианополь и сопровождал отца в нескольких военных кампаниях. Мехмед принял свое боевое крещение, командуя анатолийскими войсками в битве под Косово, и участвовал вместе с отцом в безуспешной осаде Круи в Албании в 1450 году. Когда годом позже Мурад скончался от апоплексического удара, Мехмед находился в Магнесии. Получив известие, он, как гласит история, немедленно вскочил на своего арабского скакуна и поскакал к северу, Геллеспонту, со словами: «Всякий, кто любит меня, пусть следует за мной!»