Так же наглядно франсовская ирония проявляет себя и по отношению к религии и церкви. Антихристианская тема проходит через все творчество Франса, начиная с «Коринфской свадьбы». В романе «Таис» она занимает центральное место. Не однажды она возникает и в новеллах Франса. Однако нигде еще атеистические и антицерковные убеждения Франса не выражались при помощи такого жгучего сарказма, как в «Острове пингвинов». Само возникновение пингвинского общества изображается как результат смехотворной ошибки святого Маэля из-за его старческой подслеповатости. По этому поводу Франс инсценирует ученую дискуссию на небесах, в которой принимают участие отцы церкви, учители христианской веры, святые подвижники и сам господь бог. В темпераментной аргументации спорщиков Франс сталкивает между собою различные догматы христианства, демонстрируя их полную логическую несогласованность и абсурдность. Пародией на религиозную казуистику является решение, принятое в конце концов участниками дискуссии: так как пингвины крещены и, в качестве христиан, должны заботиться о спасении души, а между тем, в качестве птиц, душою не обладают, то необходимо устранить это противоречие, наделив их душою и превратив в людей.
В истории Орброзы, многочтимой пингвинской святой, культ которой возник из сочетания корыстного обмана и дремучего невежества, Франс дал еще больше простора своему антирелигиозному пафосу, чем в сценах небесного диспута. Здесь писатель восходит к истокам религиозных легенд. Когда Орброза, лежа в объятиях своего возлюбленного, прислушивается к словам глашатая о том, что страшного дракона, пожирателя пингвинов, может победить лишь невинная дева, тогда эта распутница решает объявить себя призванной на святой подвиг и при соучастии своего любовника, разбойничавшего в обличии дракона, разыгрывает перед толпой, запуганной драконьим маскарадом, инсценировку религиозного чуда.
Не только сама религиозная идея и догматы христианства, но и культ святых, легенды о чудесах подвергаются в «Острове пингвинов» гротескно-ироническому вышучиванию. Религия как орудие политической реакции, католическая церковь как союзница расистов и монархических авантюристов Третьей республики, как фабрикаторша чудес, притупляющих народное сознание, уже подвергалась саркастическому рассмотрению в «Современной истории». Да и тема Орброзы там уже намечена: развращенная девчонка Онорина тешит умиленных слушателей нелепыми россказнями о своих «видениях», чтобы выманивать подачки, которыми она делится с испорченным мальчишкой Изидором на очередном их любовном свидании. Однако тема развратницы и обманщицы, пользующейся религиозным почитанием, получает в «Острове пингвинов» куда более разветвленную и обобщенную трактовку. Культ святой Орброзы искусственно возрождается в «Острове пингвинов» светской чернью новых времен, чтобы служить делу реакции. Франс придает здесь религиозной теме самую острую злободневность.