Все эти события заставили отца Спиридона вовсе уйти из военного ведомства. В это же время его новые киевские друзья предложили ему принять участие в их давно вынашиваемом церковно-общественном проекте. Экземплярский и его единомышленники решили организовать общину нового типа, в которой новозаветные принципы будут осуществляться без компромиссов и в соответствии с духом апостольской эпохи и святоотеческих принципов. Восьмого октября 1917 года организационно оформилось «Братство Иисуса Сладчайшего». Лучшего кандидата на пастырское руководство общиной, чем отец Спиридон, трудно было представить. Его назначают председателем братства. С этого момента архимандрит словно пробуждается к новой жизни.
Братство поначалу возникло на основе небольшого кружка культурных людей, собравшегося вокруг редакции «Христианской мысли» и Религиозно-философского общества. Из этого кружка отец Спиридон получил, в частности, активную помощницу Ольгу Прохаско, социалистку и талантливую христианскую писательницу. Один из членов РФО, настоятель «Железной» церкви на Галицком базаре Евгений капралов, дал архимандриту возможность проповедовать в своем храме и заниматься миссионерством в приходе. Вскоре к нему стали обращаться за духовной помощью железнодорожники и члены их семей, жившие в этом районе, и уже в 1918 году неожиданно для всех бывший военный священник оказался во главе многотысячной активной рабочей паствы.
Ближайший друг пастыря впоследствии — на допросе в ОГПУ (23.02.1931 г.) — так описывал состав его новой общины: «Братство [Иисуса Сладчайшего] состояло из лиц, принадлежащих к всевозможным христианским исповеданиям. Здесь встречались и представители разных сект (евангелисты, баптисты), и даже католики. Преимущественно состояло „Братство“ из рабочих и их семей».
Архимандрит смог теперь направлять жизнь братства в соответствии с ценностями бескорыстного, «негосударственного христианства». Он, так же как и Экземплярский с его ближайшими друзьями, понимал, что только усвоение этих вечных начал является залогом «возможного духовного возрождения России и всего мира».
В понимании отца Спиридона, отступлением от ценностей Евангелия стала практика государственной Церкви, в которой веками совершалась торговля святыней, превращенной в товар. В исторической Церкви «подлинный» Христос заменен христом мира сего, заветы Царства Божьего вытеснены предписаниями «духовного ведомства», искренний порыв веры заглушен лицемерием.
Страшно то, что церковные фарисеи столь духовно бесчувственны, что во все времена оправдывают насилие и войны, развязываемые светской властью. Они всегда стоят у кормила власти в Церкви, уводя христиан в сторону от истин, провозглашенных Новым Заветом.