Следующая песня — еще одна жемчужина и второй будущий сингл «The Scientist». Когда Coldplay написали эту песню, у них набиралось уже восемь треков, из которых можно составить альбом. Тогда Джон и Крис поехали на поезде в Ливерпуль и пересмотрели весь готовый материал, а потом начали экспериментировать со старым расстроенным пианино. Крис слушал «All Things Must Pass» Джорджа Харрисона, и ему понравилась сложная последовательность аккордов, так что он попытался ее повторить, когда баловался игрой на этом пианино. Внезапно основная последовательность аккордов песни «The Scientist» сложилась сама собой, и ребята посмотрели друг на друга, зная, что получилось нечто особенное. Они радостно принялись за работу над песней и в тот же день ее и доделали, записав вокальную и фортепианную партию, которые не отличаются от финальных. Позднее Крис вспоминал в замечательном интервью для интернет — журнала «ShakenStir»: «Лучшим моментом во время работы над этим альбомом был тот, когда мы вернулись к работе над этой песней. Было здорово, потому что песня просто великолепная».
Композиция начинается с фирменного клавишного вступления Криса, элегического, пронзительно грустного и гипнотического, а затем погружается в хрупкий внутренний мир взаимоотношений. В центре песни — эмоциональные стихи, пронизанные смелой и трогательной честностью и сожалением, в которых он оплакивает останки того, что некогда было заветной любовью. Это еще одна песня Coldplay, которая не меняет своей выразительности, когда в ней звучат одни клавишные, а затем постепенно включаются гитара и чистый прагматичный бас. Как и песня «Yellow», эта композиция показывает редкий дар воплощения утонченной идеи в невероятно простой форме.
Песня «The Scientist» стала вторым синглом из нового альбома, и ее дополняет чудесное видео, которое снимали с 30 сентября по 3 октября в Суррее и Лондоне под режиссурой Джейми Трейвса, который также работал над клипами Голди «Temper, Temper» и «Lucky Man» группы The Verve. Клип целиком смонтирован в обратной перемотке (с отсылкой к строчке «going back to the start» — «вернуться к началу»), и Крису пришлось выучить всю песню задом наперед. В этой тревожной картине Крис и актриса, которая играет его девушку, показаны в сцене сразу после ужасной автомобильной аварии, где ее бездыханное тело лежит на расстоянии от машины. Крис просыпается от удара на сиденье машины; он пристегнут, и поэтому не пострадал в аварии; а затем мы понимаем, что его девушка отстегнула ремень за секунду до катастрофы, чтобы надеть кофту. Как раз в этот момент пикап, едущий навстречу, теряет управление, его заносит, Крис сворачивает на обочину, и машина переворачивается. Девушка гибнет, а Крис убит горем.