Свидетельством растущей напряженности может служить все более активная пропаганда шиитских догматов и идей суфизма, находившая широкий отклик в сельджукском обществе. Стремясь сгладить остроту религиозных несогласий, Сельджукиды старательно {74} подчеркивали свою веротерпимость. Существуют свидетельства, что Кейкавус I завязал тесные контакты не только с Ибн Араби и халифом ан-Насиром. Он поддерживал также связь, посылая время от времени подарки, с руководителями ассасинов (одного из ответвлений "крайних" шиитов — исмаилитов), которые обосновались в Иране в неприступной крепости Аламут и пытались бороться с суннитскими правителями с помощью террористических актов. Впрочем, щедрые дары не спасли жизнь султана, который был отравлен при неясных обстоятельствах. Так же трагически оборвалась жизнь благочестивого Кейкубада, причем к его смерти прямое отношение имели его старший сын и везир Кёпек.
В конечном итоге долго сдерживаемый конфликт вылился в массовое антиправительственное выступление, начавшееся в 1239 г. Оно известно в истории как восстание Баба Исхака. Сам предводитель восстания был родом из Самосаты (Самсат), старинного города на берегу Евфрата, расположенного севернее Эдессы, и известного тем, что здесь в III в. н.э. жил основоположник павликианской ереси Павел Самосатский. Впрочем, еретики были и в роду Исхака: его дед вначале придерживался несторианства, а затем перешел в ислам. Сам Исхак отличался подвижническим образом жизни, некоторые современники называли его шаманом и чародеем, а другие считали прорицателем. После того, как в самом начале правления Кейхюсрева II Самосата была присоединена к владениям Сельджукидов, Баба Исхак перебрался ближе к Амасье. Здесь обосновался его духовный наставник Баба Ильяс Хорасани, который был последователем Ахмеда Есеви и вместе с тем разделял идеи шиитского мессианства (махдизма). Амасья в то время, видимо, стала центром религиозной оппозиции, и Баба Ильяс, открыто объявив себя "посланцем Аллаха", бросил тем самым вызов правителям Коньи, придерживавшимся суннитских норм ислама.
Действуя от имени своего учителя, Баба Исхак сумел объединить вокруг себя множество последователей (мюридов), которые затем стали распространять его мятежные проповеди по значительной территории — от Амасьи и Токата до Марата и Малатьи. На призывы Баба Исхака откликнулись многие крестьяне и кочевники-скотоводы. Восстание началось выступлениями туркменских племен в районах Марата и Эльбистана. Затем приверженцы Баба Исхака двинулись на Сивас и далее к Амасье. Против бунтовщиков султан бросил свои войска, которые никак не могли с ними справиться: вначале был дважды разбит у Малатьи предводитель гермиян Музаффареддин, затем потерпел поражение икдишбаши Сиваса. Тогда султан обратился к помощи наемников — "франков", которые под предводительством коменданта Амасьи наконец смогли окружить отряд Баба Исхака и захватить его в плен. Баба Исхак был казнен, но восстание не прекратилось. Его участники {75} двинулись на запад и захватили Кыршехир. Охваченные религиозным рвением, они отказывались верить в смерть своего вождя и продолжали расправляться с султанскими ставленниками и "именитыми людьми". Понадобилось еще два года, чтобы войска, снятые с восточных границ, сумели окончательно погасить огонь мятежа. Восстание было жестоко подавлено. Султан приказал казнить всех его участников. Как утверждает сельджукский хронист Ибн Биби, пощажены были лишь дети в возрасте двух-трех лет.