Весной 2005 г. украинской власти, увлекшейся разработкой перспектив евроинтеграции, был послан первый сигнал — российские компании, доминирующие на украинском рынке нефтепродуктов, ссылаясь на резкое повышение цен на нефть в мире, подняли цены на бензин и дизельное топливо. Это произошло накануне посевной кампании. Осенью 2005 г. был подан второй сигнал — российский газовый монополист «Газпром» объявил о почти пятикратном повышении цен на газ для Украины (также в связи с ростом мировых цен на энергоносители). Это вызвало переполох в верхах украинской власти и в клановых структурах, паразитирующих на торговле энергоносителями, унаследованных ею. Чрезвычайно нервные и изнурительные межправительственные переговоры, сопровождаемые торгом между кланами, привели к весьма двусмысленной сделке, практически восстанавливающей старые непрозрачные схемы взаимодействия между энергетическим лобби России и Украины. Цены на газ были повышены, но в два раза, с перспективой их повышения до намеченной отметки в $230 за тысячу кубических метров в ближайшей перспективе. Одновременно российское руководство начало крупный проект по строительству нефтегазовой магистрали через Балтийское море в Германию, который должен освободить Россию от «транзитной зависимости» от Украины.
Во время «газовой войны» в обеих странах нагнеталась общественная истерия по поводу «энергетической войны»: контролируемые властью телеканалы в России обвиняли Украину в краже газа, деловой недобросовестности и шантаже (Украина грозила повышением цен на транзит газа в Европу, а поскольку около 80 % валютных поступлений от торговли нефтью и газом поступали именно через украинский транзит, это было довольно болезненным). В украинских средствах массовой информации заговорили об имперских амбициях России и энергетическом шантаже, направленном на ограничение суверенитета Украины.
Серия экономических акций со стороны России дополнилась в 2005–2006 гг. запретом на ввоз мясомолочной продукции из Украины из-за несоответствия ее российским санитарным нормам и предложениями по ограничению ввоза металлопродукции (под предлогом их предполагаемой радиоактивности). Украинские власти в свою очередь, ссылаясь на необходимость борьбы с контрабандой, развернули «земляные работы» на украинско-российской границе в восточных областях…
Как и следовало ожидать, автоматически обострилась проблема Крыма и Черноморского флота. Украинское руководство, отвечая на повышение цен на газ, заговорило о необходимости пересмотра условий аренды российским Черноморским флотом баз в Крыму — речь шла о повышении арендной платы в 5-10 раз. Начатая по инициативе украинской стороны в начале 2006 г. инвентаризация земель и объектов на побережье Крыма вскрыла факты самоуправства и сомнительных сделок со стороны командования Черноморского флота России, коррупции и пренебрежения национальными интересами со стороны украинской власти — как центральной, так и местной. В прессе всплыла информация о продаже за бесценок или даже безвозмездной передаче прибрежных земель и курортно-санаторных объектов Крыма российским структурам. Зимой 2006 г. вспыхнула «война за маяки» — более двух десятков навигационных объектов оказались присвоенными Черноморским флотом России без официального согласования с предыдущим украинским руководством однако при явном его неформальном попустительстве. К лету 2006 г. вновь всплыла тема Керченского пролива и размежевания вод акватории Азовского моря — при этом ход межправительственных переговоров и их тональность свидетельствовали о том, что стороны вряд ли настроены на компромисс.