1) Поскольку ген действует (определяет наследуемые признаки) в организме не изолированно, а в сочетании с другими генами[32], то внедрение гена одного вида в организм другого вида может, помимо планируемых полезных результатов, соответствующих основной функции этого гена, дать непредсказуемые последствия, вполне возможно и негативные, вызванные его участием в других функциях. В частности, в результате активности внедрённых генов могут образовываться аллергенные или токсичные для человека и животных белки[33].
2) Срок, прошедший с появления первых ГМ растений слишком мал, чтобы выявить возможные неблагоприятные последствия для потомства потребителей изготовленных из них продуктов. Эти последствия могут сказаться во втором-третьем поколении людей.
С того времени, как вопрос о безопасности трансгенных продуктов оказался в центре внимания общественности разных стран, были получены экспериментальные данные, свидетельствующие о возможных негативных последствиях для здоровья человека ряда из них. Так, в серии экспериментов 1995–1998 гг. Арпад Пустаи (Arpad Pusztai)[34], сотрудник Института Роэутта[35], обнаружил неблагоприятное воздействие включения в рацион подопытных крыс ГМ картофеля, выразившееся в замедлении их роста и ослаблении иммунитета.
В октябре 1995 года, по инициативе Департамента сельского хозяйства, окружающей среды и рыболовства Шотландии (SOAEFD), было начато трёхлетнее исследование проблемы безопасности ГМ культур для человека и окружающей среды. В работе участвовали Исследовательский институт Роуэтта (Rowett), Шотландский институт исследования с/х культур (SCRT) и факультет биологии университета Дарема (Durham). В рамках этой программы группа Арпада Пустаи из Института Роуэтта занималась изучением ГМ картофеля со встроенным геном лектина подснежника (природного инсектицида, безопасного для млекопитающих). Пустаи является экспертом по лектинам с мировым именем, с полувековым опытом научной работы и 270 научными публикациями, включая 3 книги. В Институте Роуэтта он проработал более тридцати лет и ещё в 1990 году достиг пенсионного возраста, однако продолжал работать в институте (по просьбе его директора), где вёл шесть национальных и международных исследовательских программ.
10 августа 1998 года по британскому телевидению (ITV's World In Action) было показано интервью Пустаи, в котором учёный выразил обеспокоенность по поводу безопасности ГМ продуктов и упомянул о неблагоприятных результатах своих опытов с кормлением ГМ картофелем крыс. Он заявил, что не стал бы есть такой картофель. 16 октября 1999 года совместная статья Арпада Пустаи и Стэнли Юэна