В 1918-24 гг. В. С. Пустовойт преподавал в Кубанском сельскохозяйственном техникуме, а в 1926-30 гг. заведовал кафедрой генетики, селекции и семеноводства Кубанского сельскохозяйственного института. Одновременно он возглавлял селекционную станцию масличных культур, созданную в 1924 году на базе опытного поля "Круглик". В 1933 году эта опытная станция была преобразована в Всесоюзный научно-исследовательский институт масличных и эфиромасличных культур (ВНИИМК). С мая 1936 года отдел селекции и семеноводства масличных культур и лабораторию селекции подсолнечника ВНИИМК возглавил В. С. Пустовойт. Он продолжал селекционные работы по улучшению подсолнечника.
В 1940-41 гг. В. С. Пустовойт создал урожайный и высокомасличный, устойчивый к болезням сорт ВНИИМК-3510. За ними последовали новые, улучшенные сорта. В 1946 году ему была присуждена Сталинская премия.
В 1956 г. В. С. Пустовойт стал академиком ВАСХНИЛ; в 1957 г. ― Героем Социалистического труда; в 1959 г. ― лауреатом Ленинской премии.
В одном только 1962 году за счёт повышения процента масличности семян страна получила дополнительно 30 млн. пудов масла. Н. С. Хрущёв, считавший себя специалистом по сельскому хозяйству, называл академика В. С. Пустовойта "подсолнечным богом".
10 апреля 1963 года В. С. Пустовойту было присвоено звание дважды Героя Социалистического труда. В 1964 году он стал академиком АН СССР.
Всего академик Пустовойт создал 34 сорта подсолнечника, из которых 28 были районированы. Последней его работой был сорт Салют.
Сорта подсолнечника, выведенные В. С. Пустовойтом, заняли в СССР 3 млн. га. Они поставлялись в СЭВ, другие страны, в т. ч. в Аргентину ― исходную родину этой культуры.
Им было опубликовано 160 научных работ, в своем большинстве посвящённых вопросам селекции подсолнечника.
Бронзовый бюст В. С. Пустовойта установлен на территории Всесоюзного научно-исследовательского института масличных культур, ныне носящего его имя. В его честь были названы улицы в Краснодаре и Армавире.
Дело В. С. Пустовойта продолжила его дочь, Галина Васильевна ― доктор сельскохозяйственных наук, заведовавшая в 1972-88 гг. отделом селекции сортов подсолнечника ВНИИ масличных культур.
Профессор С. И. Жегалов и его Грибовская школа
Многие генетики Московского и Санкт-Петербургского университетов, как в дореволюционное время, так и после установления Советской власти, находились под влиянием модных западных учений и были пропагандистами заимствованных из-за рубежа псевдонаучных идеологизированных доктрин неодарвинизма (вейсманизма), мальтузианства, евгеники. В отличие от них, работа специалиста в области генетики и селекции профессора Сергея Ивановича Жегалова была направлена на получение конкретных, практически важных для сельского хозяйства нашей страны результатов. Будучи деканом и заведующим кафедрой Московской сельскохозяйственной академии, он организовал при академии селекционную станцию, ныне носящую имя ученика С. И. Жегалова ― профессора Н. Н. Тимофеева. С. И. Жегалов и его близкий сотрудник профессор В. В. Ордынский играли ведущую роль и в организации Грибовской овощной селекционной опытной станции. Книга С. И. Жегалова "Введение в селекцию", впервые изданная 80 лет назад, используется в селекционной практике и сегодня. При её чтении возникает впечатление, что это современный учебник по генетике и селекции растений.