Но он старел, и эпоха Кромвеля так настроила его против вмешательства общественности в дела правительства, что он начал ценить невежество. В то время, когда население Виргинии достигло 45 000 (включая 2000 черных рабов), Беркли открыто радовался в 1671 году, что в колонии нет ни школ, ни печатного станка, так как считал и то и другое источниками подрывной деятельности.
Возрастающая авторитарность и раздражительность при контактах с людьми начала подрывать его популярность. Вдобавок возникли экономические трудности. Несмотря на усилия Беркли, Виргиния по-прежнему очень зависела от табака. Когда обильное выращивание табака привело к перепроизводству и когда Навигационный акт и войны между Британией и Нидерландами стали мешать торговле, началась серьезная депрессия.
И с индейцами тоже были проблемы. Беркли пытался защитить индейцев от открытого грабежа и убийства и поощрял строительство оборонной системы фортов против нападения индейцев. Западные поселенцы и слышать не хотели об этом, так как это было бы дорого. Они желали полного истребления индейцев во всех направлениях и обвиняли Беркли в том, что он покровительствует индейцам из-за своих инвестиций в торговлю пушниной.
И теперь на сцену выходит молодой человек по имени Натаниель Бэкон (дальний родственник Френсиса Бэкона, знаменитого английского политического деятеля и философа).
В 1674 году, после различных семейных неприятностей в Англии, в число которых входило участие в неудачно выбранных финансовых предприятиях, отец послал Бэкона в Виргинию. В Виргинии у Бэкона был кузен, имевший связи в правительстве, а жена Бэкона приходилась родственницей жене губернатора. С такими связями молодой человек преуспел. Его назначили советником губернатора, хотя ему было всего двадцать восемь лет, и он сумел приобрести две большие плантации.
Когда один из надсмотрщиков Бэкона был убит индейцами в 1676 году, Бэкон горячо среагировал и неожиданно оказался во главе тех пионеров, которые хотели воевать с индейцами. (Война короля Филиппа бушевала в то время в Новой Англии, и антииндейские настроения были сильнее, чем обычно.) Не в состоянии устоять против лестного предложения стать лидером, Бэкон нелегально повел своих вооруженных фермеров против ближайших индейцев (они были дружелюбными, мирными, безоружными и беспомощными) и 20 апреля 1676 года убил нескольких индейцев, не встретив сопротивления.
Это сделало его героем, и он сразу же потребовал полной реформы правительства и выборов новой Палаты бюргеров, которая заняла бы более жесткую позицию по отношению к индейцам. Разъяренный Беркли вынужден был разрешить выборы, и Бэкон стал одним из избранных. Когда Бэкон попытался занять свое место в Палате, Беркли приказал его арестовать, но после был вынужден его освободить. Бэкон вернулся в верхнее течение реки, собрал вооруженных сторонников и двинулся на Джеймстаун. Беркли поспешно уехал на восточное побережье колонии, оставив Бэкону Джеймстаун. Он захватил его 18 сентября и сжег днем позже. Некоторое время Бэкон контролировал почти всю Виргинию и готовил принятие тех реформ, которые ему нравились.