В течение всей войны как опытный контрразведчик неоднократно направлялся в правительственные командировки, в том числе и в действующую армию. В частности, в первые недели гитлеровской агрессии он выезжал по личному указанию И. В. Сталина для расследования причин огромных потерь ВВС Западного и Северо-Западного фронтов. Свой подробный и объективный доклад он представил в Государственный комитет обороны письменно 8 июля 1941 года.
Тутушкин неоднократно выезжал на фронты, участвовавшие в великой Сталинградской битве, оказывая помощь руководителям особых отделов НКВД разных степеней.
Управление особых отделов НКВД СССР не только боролось со шпионами, диверсантами, террористами, паникерами, дезертирами, фиксировало информацию о злодеяниях фашистских варваров на советской земле, но и исследовало причины антисоветских проявлений путем выборочного углубленного контроля почтовой корреспонденции через возможности 2-го спецотдела НКВД СССР.
Для анализа и составления докладной членам Ставки ВГК военной контрразведкой на имя Ф. Я. Тутушкина 29 ноября 1941 года было направлено сообщение этого подразделения. В нем, в частности, говорилось, что с 15 по 31 октября 6-м отделением ВЦ (военная цензура. — Прим. авт.) Особого отдела НКВД 34-й армии Северо-Западного фронта было прочитано 119 332 письма, исходящих от бойцов, командиров и политработников.
Из общего количества прочитанной корреспонденции отмечено 1266 документов, отражающих упаднические настроения отдельных военнослужащих, и 848 сообщений с жалобами на недостаточное питание. Есть смысл привести выдержки из некоторые из них:
«…О моей жизни вам уже известно, скрывать нечего, живу очень плохо, во всех отраслях моей жизни и голодный днями бываю, и холодный, и грязный, жизнь очень тяжелая и трудная. Переживем мы или нет, но чувствую, что нам эту жизнь не перенести. Если не убьют, то замерзнешь, то с голоду умрешь, если все время так кормить будут — три сухаря да воду, а горячую пищу чем-либо замутят, вот тем и жив…»
«…Немцы окружают кругом, и вряд ли мы выйдем, я думаю, вам всем понятно, как он нас бьет. А наши войска все отходят назад. Не знаю, что получится, кто кого, это не видно. Наши войска каждый день сдают города, немцы подошли к самой Москве…»
«…Я решил вам написать последнее письмо, пока жив, ну ничего не поделаешь, нас бьют, немало людей каждый день, но я еще жив. На фронте еще не был. Но теперь меня скоро убьют… немец очень сильно жмет на гор. Валдай. Плохо в том, что бойцов не зарывают, так и валяются, потому что мы воюем по лесам…»