Известно, что тем не менее в течение всего II в. в некоторых церковных кругах авторитет Евангелия все еще оспаривался. Так, была попытка приписать его еретику Керинфу. Кроме того, самые ранние свидетели (Климент Римский, Игнатий Антиохийский) не упоминают об Иоанне, а Поликарп, хотя и цитирует 1-е Письмо, явно ничего не знает о Евангелии. Юстин Мученик утверждает, что апостол Иоанн написал Откровение, но не говорит о том, кому принадлежит Евангелие. Игнатий Антиохийский в своем письме церкви Эфеса не упоминает Иоанна, хотя знает о деятельности апостола Павла в этом городе. Это тем более странно, что некоторые выдержки из его писем позволяют предположить, что Евангелие было ему знакомо. Вероятно, споры и сомнения относительно этого произведения объясняются тем, что оно появилось сравнительно поздно и разительно отличалось от первых трех, получивших к тому времени широкое распространение. Кроме того, оно очень почиталось гностиками, с которыми Церковь вела упорную борьбу, потому что их учение грозило подорвать сами устои христианской веры. Сам автор не был гностиком, но он излагал христианские идеи в такой форме, что их легко могли использовать приверженцы гностических идей. Популярность Евангелия у еретиков не могло не вызвать подозрительного отношения к этому произведению.
К этому времени апостольское происхождение стало считаться важнейшим критерием для принятия в канон. И когда встал вопрос о включении Церковью в канон христианских Писаний этого в высшей степени популярного и получившего широкое распространение Евангелия, было окончательно решено, что оно должно быть написано одним из апостолов.
Но некоторые библеисты полагают, что, хотя автором действительно был Иоанн, это не был апостол, а другой человек с тем же именем, тем более что оно было очень распространенным. Это предположение как будто подтверждается одним из самых древних источников, а именно Папием Иерапольским (II в.), его цитирует Евсевий Кесарийский в своей «Церковной истории». Папий говорит: «Если появлялся кто-нибудь, кто был последователем старейшин, я исследовал слова старейшин, что говорил Андрей, или Петр, или Филипп, или Фома, или Иаков, или Иоанн, или Матфей, или кто другой из учеников Господних и что говорили Аристион и старейшина Иоанн, ученики Господни». Далее Евсевий Кесарийский замечает: «Следует обратить внимание на то, что Папий называет двух людей с именем Иоанн: одного, упомянутого им раньше вместе с Петром, Иаковом, Матфеем и прочими апостолами,.. другого Иоанна помещает в числе людей, стоявших рядом с апостолами». Как известно, Иоанну приписывают авторство трех писем, стилевая и идейная близость которых к Евангелию очевидна, причем автором 2-го и 3-го является человек, который называет себя старейшиной.