Едва устроившись в Эльблонге, Коменский принимается за работу. Он прекрасно осознает, какого напряжения потребует от него выполнение обязательств перед шведами, и прерывает переписку с друзьями, никого не принимает, отстраняется от всех дел. Ему дорог каждый час, ибо и час работы над учебниками для шведских школ приближает его освобождение от обязательств и, следовательно, возможность заняться Пансофией, о которой он не перестает помышлять. Но борьба Реформации с католицизмом, которая с ожесточением ведется и на полях сражений, и средствами тайной дипломатии, и в открытых теологических диспутах, не обходит и тихий Эльблонг. И Коменский не может оказаться в стороне. Обстоятельства так складываются, что он вынужден печатно, в большом сочинении, защищать духовные установления и традиции чешских братьев. Вместе с тем он утверждает право каждого человека следовать голосу своей совести и призывает противоборствующие стороны к миру и согласию...
Время идет, а работа над учебниками продвигается медленно. Коменский совершенствует в первую очередь «Открытую дверь языков» и пишет к ней третью часть — «Дворец». Его помощники оказываются малосведущими; кроме Пьера Фигула, никто не может самостоятельно и шагу ступить.
Ян Амос не теряет надежды, что, завершив для шведов дидактическое сочинение «Новейший метод преподавания языков», вернется к Пансофии. Но слишком медленно подвигается вперед работа! Да и к тому же Коменский вынужден давать частные уроки, иногда выступать с публичными чтениями. К этому побуждает его материальная нужда, так как содержание де Геера оказывается для большой семьи весьма и весьма скудным.
Многие обыватели Эльблонга удивлены, узнав, как нищенски живет прославленный философ, которого, едва он приехал, избрали почетным членом профессорского совета. На его чтения в городской школе собираются самые уважаемые в городе лица: члены магистрата, старейшины церковной общины, профессора. Говорят, с философом состоит в дружбе сам правитель сиятельный граф Герхард Денгоф! А в доме нечего есть! Лавочники, частенько поставлявшие провизию в дом Коменского в долг (а иной раз там довольствуются одним хлебом), не делают из этого секрета. Одни пожимают плечами, другие самодовольно улыбаются: у них-то полная чаша, хотя они и не ученые и не знаменитые...
Шведам становится известно, что время от времени Коменский выступает с публичными чтениями, дает частные уроки и что, выполняя свое обещание властям Эльблонга, уже приступил в городской школе к объяснению своей «Двери предметов». Считая, что время Коменского принадлежит только им, шведы шлют запрос за запросом. Их интересует, что сделано, сроки окончания намеченных работ. Они торопят, упреки становятся все более резкими. Английские друзья, напротив того, хотят лишь знать, насколько Коменский продвинулся вперед в пансофических трудах. Гартлиб, которому Ян Амос сообщил, что, выполняя договор со шведами, прервал занятия Пансофией, в ответном письме к Коменскому разражается филиппикой: «В какую пропасть ты катишься, занимаясь делом, не стоящим твоих сил?» Человек умный, искренне привязанный к Коменскому, Гартлиб все же не в состоянии понять глубины его патриотического самопожертвования; ведь он работает для шведов, потому что они помогают братьям.